Филогенетиалық систематика. Филогенетикалық классификациясы 1965 жылы Э. Цукеркандл мен Л. Полинг клетканың макромолекулаларының жүйелілігінің, яғни олардың алғашқы реттік құрылысын филогенетикалық классификациясында эволюциялық тарихи құжат ретінде пайдалануға болатындығын анықтады. Олар барлық молекулаларды 3 топқа біріктірді:
1.Семантидтер: бірінші реттік – ДНҚ, екінші реттік – РНҚ, үшінші реті – протеиндер;
2.Эписемантидтімолекулалар. Олар үшінші реттік семантидтерді бақылаумен түзіледі;
3.Асемантидті молекулалар. Бұларды организмдер өздігінен түзбейді, сыртқы ортадан қабылдайды (витаминдер, оттегі, фосфаттың иондары, вирустар).
Фенотипикалық систематика. Фенотипикалық систематикада орга-низмдерді олардың ортақ қасиеттеріне қарай топтастырады.Алғашқы Ф.Кон бактерияларды морфологиялық қасиеттеріне қарай коктарға, таяқшаларға, иілген бактерияларға бөлген. 1909 жылы Орла-Иенсен систематикаға алғаш рет биохимиялық және химиялық қасиеттері де ескертілетін болды.
Фенотипикалық систематика бірнеше түрге бөлінеді:
Нумерикалық (сандық) таксономия. Алғаш рет бұл әдісті 1763 жылы ботаник М. Адансон ұсынды, сондықтан ол адансон таксономиясы деп аталып кетті. Бұл әдіс М. Аансон жасаған 5 принциптерге негізделген:
1.Зерттейтін организмдерді (особьтарды) неғұрлым көп белгілер бойынша сипаттаған жөн;
2.Организмнің барлық белгілернің мағынасы бірдей;
3Ұқсастық деңгейі жалпы белгілердің үлесіне пропорцианалды;
4.Таксондар корреляциялық белгілері бойынша бөлінеді;
5.Обосьтардың ұқсастығы филогенияға тәуелсіз қарастырылады және барлық белгілеріне негізделеді.
Хемосистематика деп тұтас клетканың не оның компоненттерінің химиялық құрамы мен құрылысы жөніндегі мәліметтерді бактериялардың классификациясында қолданатын әдістерді атайды. Хемосистематика арқылы мынадай белгілерді анықтайды:
1.Клетка қабықшасының муреиніндегі пептидтердің аминқышқыл құрамы, диаминпимелин қышқылының түрлері, пептид арасындағы көпіршіктің құрамы, микол қышқылдарының құрылысы;
2.Клеткасы мен мембрананың ерігіш белоктарының спектрі, энзимдердің және басқа белоктардың электрофорездік қозғалысы;
3.Цитохромдардың құрамы мен құрылысы;
4.Метаболизмнің кілтті ферменттерінің болу – болмауы.
Клетка қабықшасының химиялық құрамы фотосинтезге қабілетсіз бактерияларды ірі таксондарға бөлу үшін пайдаланды. Бұрын бактерияды Грам бойынша бояу әдісі арқылы 2 топқа, грам-оң және грам-теріс, бөлуші еді. 1956 жылы Куменс пен Гарис клеткалар Грам бойынша әр түске боялуының себебі, олардың клетка қабықшасының құрылысы мен құрамында екенін анықтады. Осыған орай Р.Муррей бактерияларды клетка қабықша-сына қарай 4-бөлімге (грациликутес, фирмикутес, тенерикутес және мендозикутес) біріктірді.