XIII ғасырда Орталық Азия мен Қазақстан жерлеріне бағытталған монғол шапқыншылықтары мен олардың дәстүрлі діни сенімдерін ұстанатын тайпаларының (монғол және түркі) қоныстана бастауы салдарынан исламның таралуы біраз уақытқа дейін бәсеңдеді. Осы шапқыншылықтар кезінде көптеген қалалар жойылды, ғылым мен мәдениет орталықтары тоналды, мешіт пен медреселер қиратылды. Ұлы Жібек жолындағы сауда-саттыққа ауқымды зиян келтірілді.
Монғол билеушілері өздерінің діни сенімдерін мұсылмандарға күштемей, діни төзімділік танытты. Алтын Орданың ханы Берке (1255-1266) және басқа да хандардың (Өзбек, Түдеменгү) мұсылмандықты қабылдауымен исламның орны нығая түсті. Мысалға, Өзбек хан тұсында (1312-1342 жж.) Алтын орданың астанасында 13 мешіт қызмет етіп, ханның өзі күніне 5 рет намаз оқыған. Дін әртүрлі тайпаларды біріктіруші құралдың біріне айналды. Көшпенділер арасына исламды мақсатты түрде тарату басталды. Дін уағызшылары далалы өңірге Орталық Азиядан, Еділ өңірлері мен мұсылман әлемінің басқа да аудандарынан ағыла бастады. Миссионерлер арасында суфийлік бағыттың өкілдері де аз болмады. Сопылықтың нақышбандия мен ясауия тариқаттары билік пен қоғамдық санаға айтарлықтай ықпал еткен, сол себепті билік өкілдері сопылық тариқаттардың жетекшілерімен санасып отырған. Сонымен қатар, сопылар мешіттер мен медреселерді өз иелігінде ұстап, барлық діни рәсімдерге қатысып отырған.
Монғол билеушілері өздерінің діни сенімдерін мұсылмандарға күштемей, діни төзімділік танытты. Алтын Орданың ханы Берке (1255-1266) және басқа да хандардың (Өзбек, Түдеменгү) мұсылмандықты қабылдауымен исламның орны нығая түсті. Мысалға, Өзбек хан тұсында (1312-1342 жж.) Алтын орданың астанасында 13 мешіт қызмет етіп, ханның өзі күніне 5 рет намаз оқыған. Дін әртүрлі тайпаларды біріктіруші құралдың біріне айналды. Көшпенділер арасына исламды мақсатты түрде тарату басталды. Дін уағызшылары далалы өңірге Орталық Азиядан, Еділ өңірлері мен мұсылман әлемінің басқа да аудандарынан ағыла бастады. Миссионерлер арасында суфийлік бағыттың өкілдері де аз болмады. Сопылықтың нақышбандия мен ясауия тариқаттары билік пен қоғамдық санаға айтарлықтай ықпал еткен, сол себепті билік өкілдері сопылық тариқаттардың жетекшілерімен санасып отырған. Сонымен қатар, сопылар мешіттер мен медреселерді өз иелігінде ұстап, барлық діни рәсімдерге қатысып отырған.