Биотехнологиялық өндіріс қажеттілігі үшін қолданатын суларды санитарлы микробиологиялық зерттеулер сапасын ішкі бақылау. Судағы колифагтар, қарапайымдылардың цисталары, сульфитредицирлеуші клостридиялардың спораларын анықтау.
«Судың санитарлық және микробиологиялық зерттеулерінің ішкі бақылауын ұйымдастыру» әдістемелік нұсқаулары судың мемлекеттік санитарлық-эпидемиологиялық және өндірістік бақылауын қамтамасыз ету кезінде суға санитарлық және микробиологиялық зерттеулер жүргізетін зертханаларға арналған: ауыз су, тұрмыстық сумен жабдықтау, су объектілерінің демалысы, спорттық және т.б.
Су кез-келген түрдегі өндірісте қолданылатындықтан өнімдер, сондай-ақ тікелей тағамға, оның сапасына сәйкестігі санитарлық және микробиологиялық көрсеткіштер өте маңызды. Су ішек инфекциялары - тырысқақ, іш сүзегі жәнепаратифиялық қызба, сальмонеллез, дизентерия, А гепатиті, сондай-ақ лептоспироз,күйдіргі, туляремия, түрлі саңырауқұлақ аурулары. Осыған байланысты суды санитарлық-микробиологиялық зерттеудің негізгі мақсаты суда патогенді және шартты түрде патогенді болуын анықтау болып табылады, сонымен қатар арасында жұқпалы аурулардың таралуын болдырмауы керек.