Е.Бекмахановтың ғылыми мұрасы әсіресе тақырыптардың алуан түрлілігімен, тарихи мәселелердің кең қамтылуымен және оларды шешудің жан-жақты болуымен ерекшеленеді. Өзінің бастамасы 1947 жылы Алматыда орыс тілінде «ХІХ ғасырдың 20-40-жылдарындағы Қазақстан» деген атпен шыққан монография болды. Осы тақырыпта ол докторлық диссертацияны 1946 жылы Мәскеуде қорғады.