Бірақ, ұлттық намыстан жұрдай, жалған интернационалист, жадағай белсенділердің көрсетуімен ол 1926 жылы екі рет тұтқындалып, түрме азабын тартты. Әлихан Бөкейхан Мәскеуге жер аударылады, зор беделінен қорыққан большевиктер өкіметі оны Қазақстанға жолатпады. Онда он жыл үй қамауында отырған Әлиханды 1937 жылы тамызында қайыра тұтқындап, бір айдан кейін жалған жаламен 67 жасында Мәскеуде ату жазасына кеседі.
1989 жылы мамырдың 14 КСРО Жоғарғы сотының қаулысы бойынша әрекетінде қылмыс құрамы жоқ болғандықтан, ақталды.
Сөз соңында, ғалым, Ә.Бөкейхан XX ғасырдың алғашқы жартысында қазақ эпосы мен фольклорын ғылыми тұрғыдан зерттеген ғалымдарымыздың бірі болды. Ол қарастырған негізгі аспектілер: эпостың тарихилығы, қазақ фольклорының түрлері, шығу мезгілі, жыршы мен оның шеберлігі, қоғамдық ой-сананың жырда көрініс табуы, бейнелер, олардың атқарған идеялық қызметі, үлгінің көркемдік ерекшеліктері т.с.с.- әлі де қазақ фольклортану ғылымында өз маңызын жойған жоқ, және сол дәуірдің жетістігі болып саналатыны сөзсіз.
Ә. Бөкейханның қуғын-сүргін кезеңінен 2 жыл алдындағы мен ату жазасының күніндегісі.
Ғылыми еңбектері
XIX ғасырдың соңында Омбы орман шаруашылығы училищесінде оқытушылық қызмет атқарып, ғылыми жұмыстармен айналысады.
Ол 1896 ж. көрнекті ғалымдардың кепілдемесімен Орыс географиялық қоғамы Батыс-Сібір бөлімшесінің толық мүшесі болып сайланды.
Әлихан «Ресей. Жалпы географиялық сипаттама» атты көп томдық еңбектің қазақ даласына арналған 18 томына автор ретінде қатынасқан. Ол ғылыми жұмыспен қатар қоғамдық-әлеуметтік саяси қызметтерге де белсене араласа бастайды.
1904 жылы қазақ даласына қоныс аудару қозғалысын даярлап берген Ф.А. Шербина экспедициясының құрамында болды.
1911-14 жж. Әлихан Бөкейхан «Жаңа энциклопедиялық сөздіктің» 4-21 томдарына автор ретінде қатысты.
Әлихан Бөкейхан — ғұлама ғалым ормантанушы, экономист, мал шаруашылығын зерттеуді ғылыми жолға қоюшы, тарихшы, этнограф, әдебиеттанушы, аудармашы, әрі публицист ретінде қазақ халқының саяси әлеуметтік, мәдени рухани тарихында өшпестей із қалдырған ұлы тұлға.Ә.Бөкейханұлының әдебиеттану тұрғысынан жазылған еңбектері ғалым Д.Қамзабекұлы тарапынан жан-жақты қарастырылады. Бұл зерттеуде Ә.Бөкейханұлының алғашқы еңбектерінің бірі ретінде «Женщина в киргизкой былине Кобланды» атты мақаласы сарапталған. «Туркестанские ведомости» газетінің бірнеше санында жарияланған. Ә.Бөкейхановтың әйгілі «Қобыланды» жырындағы әйел бейнесі» деп аталған мақаласы белгілі ғалым С.Қасқабасов тарапынан жан-жақты талданып, сол кездегі қазақ фольклористикасы үшін аса маңызды бірнеше мәселе көтерілгенін жеріне жеткізе айтылып: «Бұлар эпостың тарихилығы, «Қобыланды» жырының шығу мезгілі, қазақ фольклорының түрлері, жыршы және оның шеберлігі, қоғамдық ой-санасының жырда көрініс табуы, «Қобыланды» жырындағы әйелдер бейнесі, олардың атқарып отырған идеялық қызметі. Осындай ғылыми мәнді проблемаларды автор сол кездегі әлеуметтік, моральдық мәселелермен ұштастыра қарастырған»,- делінген.
