Қазақстанның Россияға қосылуының аяқталуы. Патша үкіметі Оңтүстіқ Қазақстан өңірінен Қоқан хандығын ығыстырып, өз бақылауына алу үшін әскери қимылдарын көбірек ұйымдастыра бастады.
1859 жылы Ұлы жүзде тұрғызылған Қастек бекінісі Россияның тірегі саналып, Қоқан ханының шабуылдарына тосқауыл болды. Шу алқабынан полковник Циммерман тобы шабуылдап, 1860 жылы 26 тамызда Тоқмақты, 4 қырқүйекте Пішпекті алды. 1860 жылы 27 қазанда Ұзынағаш түбінде Алатау округінің билеушісі Г.А.Колпаковский басқарған орыс отряды қоқан әскерін жеңеді. Бұл шайқаста 400-ге жуық Қоқан сарбазы қаза табады, ал орыстар – 2 адамнан айрылды.
1863 жылы Қоңырат 4 мыңға жуық, бестаңбалы руынын 5 мыңға жуық шаңырағы Россия билігін мойындайды.
1864 жылы қөктемде Қоқан хандығына қарсы жіберілген патша әскері Шу алқабын, Мерке, Әулиеата, Түркістан бекіністерін алса, осы жылы 22 қыркүйекте Черняев төбы Шымкентті алады, ал Ташкентті шілде айында 1865 жылы үш күндік шайқастан кейін алды.
1866 жылы Бухар хандығын орыс әскерлері жаулап, 1867 жылы хандық иеліктері Түркістан генерал-губернаторлығының құрамына кірді, ал 1868 жылы Қоқан хандығына тәуелді болған қазақ жерлері Россия құрамына еніп, Түркістан генерал-губернаторлығына бағындырылды. 1873 жылы Хиуа хандығының орыс әскерінен жеңілуі Хиуа хандығы билігінен қазақтардың толық бөлініп шығуын тездетті.
Сөйтіп, XIX ғасырдың 30 жылдарынан басталып, 1,5 ғасырға созылған қазақ елінің Россия құрамына қосылу процесі – Ұлы жүздің Россия империясының құрамына енуімен аяқталды. XIX ғасырдың 60 жылдарында қазақ жері түгелдей Россия отарына айналды.
Патша – өкіметі қазақ даласын тупкілікті билеу үшін әуелі әр түрлі реформалар жүргізіп, қазақтың елдік этникалық ұйтқысын ірітіп, ұлыстарды бөлшектеп, оларды губернияларға, округтерге теліп, ұлтанды елді тұтастықтан айырды. Рас, олар мұның бәрінің бірден жүзеге асыра қойған жоқ, патша өкіметі оны кезең – кезеңімен іске асырды.
Оның алғашқысы – 1731 жылдан 1822 жылға дейін созылған ел билеу, жүйесіндегі протектораттық дәуір (кезең), яғни күшті мемлекеттің әлсіз мемлекетке формальды түрде болса да қамқорлық жасау саясатын жүргізу болды. Бұл кезде патша өкіметі ел билеудің бұрынғы хандық жуйесін сақтап, оның ішкі тірлігіне араласпай, қазақ елін өзіне жағынып бағынышты болған хандар арқылы басқарды.
Патша өкіметінің қазақ елінің басына тәуелділік ноқтасын біржолата кигізуі 1822 жылдан 1867 жылға дейін созылды. Сөйтіп, патша өкіметінің отаршылдық саясатының екінші кезеңі басталды. Бұл кезде ол әскер күші арқылы елдің ішкі тірлігіне араласып, жергілікті шаруаларды қонысынан қуа бастады. Олардың орнына ішкі Россиядан жоқшылыққа ұшыраған орыс босқындарын әкеп орналастырды.
Отарлаудың осы әскери - әкімшілік кезеңінде әскери бекіністердің іргесі қалана бастады. Оларды тұрақтандыру үшін шекаралық белгілермен бөлді. Біртіндеп бекіністер Қазақстанның ішкі аймақтарына тамыр жайды.
Бұдан кейін (үшінші кезең) отарлау саясатының ежелден қалыптасқан ескі тәсілдерінің бірі – отарлаушы елдің ішкі қуат көзі – этникалық тұтастығынан айырып, қандас, бауырластар арасына іріткі салу мақсатымен патша өкіметі енді қазақ даласын билеудің аға сұлтандық жүйесін жойып, оның орнына сатылап бағындыру жүйесіне негізделген мемлекет аппарат құрды. Бұл мақсатты патша өкіметі 1867-1868 жылдардағы реформалар арқылы жүзеге асырды.
Хандық билікті іс жүзінде жойған 1822 және 1824 жылғы Жарғылар капиталистік қатынастар өрістей бастаған кезде өлкенің шаруашылық даму талабына сай болмады.
XIX ғасырдың 60-жылдары қазақтардың басқару жүйесін өзгерту үшін И.И. Бутков басқарған комиссия құрылды. Қазақ даласы екі облысқа бөлу жоспарланды. Бүл усыныс қабылданбады.
1865 жылы Ішкі істер министрлігі кеңесінің мүшесі Гирс басқарған Дала комиссиясы құрылды.
1865 жылы 5 маусымда II Александр бұйрығымен қазақ жерін зерттеу сұрақтары дайындалды: жерді иелену түрлері, сот ісі, ағарту ісі, салық, діни мәселе т.б.
1886 – 1891 жж. реформалар бойынша әкімшілік және сот құрылысына енгізілген өзгерістер.
1867-1868 жылдардағы реформалар екі жыл мерзімге тәжірибе түрінде уақытша енгізілген болатын. Алайда, бұл «тәжірибе» жергілікті халыққа теріс әсер етуі ықтимал деген қауіппен 20 жылдан астам уақытқа созылды. Тек XIX ғасырдың 80-ші жылдарының аяғы мен 90-шы жылдарының бас кезінде ғана отарлық өкімет орындары өлкенде әкімшілік, сот реформаларын енгізуді аяқтауға кірісті.
1886 жылы 2 маусымда «Түркістан өлкесін басқару туралы ереже», 1891 жылы 25 наурызда «Ақмола, Семей, Жетісу, Орал және Төрғай облыстарын басқару туралы ереже» қабылданды.
Түркістан өлкесі жерінің құрамына Ферғана, Самарканд және Сырдария облыстары кірді. Орталығы Ташкент қаласы болды. Сырдария облысы 5 уезден, Ферғана - 5, Самарканд - 4 уезден турды. 1891 жылғы «Ереже» бойынша Орынбор және Батыс Сібір генерал– губернаторлықтарының орнына орталығы Омбы болған Далалық (Степной) генерал– губернаторлығы құрылды. Оның құрамына Ақмола, Семей, Орал, Төрғай және Жетісу облыстары кірді. Жетісу облысы 1897 жылы қайтадан Түркістан генерал – губернаторлығының қарауына берілді.
Өлке шеңберінде генерал – губернаторға шексіз билік берілді. Басқару аппараты – кеңсе, әскери губернаторлар өздеріне бағынышты облыстық басқармаларымен қоса генерал – губернаторға бағынды, ал облыстық басқармаларға жалпы жиналыс және кеңсе кірді. 1891 жылғы «Ереже» бойынша Ірі облыстық орталықтарда (Верный, Орал, Петропавл, Семей) полиция басқармасы құрылды, ал уездік қалаларда полициялық пристав құрылды. Болыстық басқарушылар мен ауыл старшындарын бекіту әскери- –губернатор құзырында болды.