"фараби əлемі" атты халықаралық ғылыми конференция материалдары


OH, MY GUT! THE INTERACTION OF miRNAs WITH mRNAs OF COLON CANCER GENES



Pdf көрінісі
бет262/372
Дата02.03.2022
өлшемі2,79 Mb.
#26858
1   ...   258   259   260   261   262   263   264   265   ...   372
Байланысты:
thesis114326

OH, MY GUT! THE INTERACTION OF miRNAs WITH mRNAs OF COLON CANCER GENES 
 
Akimniyazova A.N., Aisina D.E., Talipova A.B., Kuli Zh.T. 
Al-Farabi Kazakh National University 
aigul.21@mail.ru
    
 
Understanding of genetic events driving the pathogenesis of colon cancer is of critical importance to 
devise new strategies to treat this malignancy. In recent years actively studied the interaction of miRNA with 
mRNA of genes, responsible for the development of cancer.  
miRNA  play  an  important  role  in  carcinogenesis.  Definition  of  specific  miRNAs  and  their  target 
genes, participating in carcinogenesis allows us to better understand the mechanism of their regulation.   
Searching of miRNA's target genes was performed by MirTarget software, created in our laboratory. 
This software defines beginning of miRNA and mRNA binding sites; localization of binding sites in 5'UTR, 
CDS,  3'UTR;  free  energy  of  hybridization  and  scheme  of  miRNA-mRNA  nucleotides  interaction.  For 
analysis it was selected 157 genes from Genbank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/), most frequently involved 
in the development of colon cancer.  
Identified mRNA of AATK, HDAC4, KDM1A, NFE2L2 and RXRA genes, having fully complementary 
binding  sites  with  miRNA.  The  mRNA  of  AATK  gene  has  two  binding  sites  of  miR-17-39023-3p  in  CDS 
with energy range from -134 kJ/mole to -142 kJ/mole and value ΔG/ΔGm from 94% to 100%. The mRNA of 
NFE2L2 has multiple binding sites of miR-1-155-3p, miR-11-28656-5p, miR-19-21199-3p and miR-2-3313-
3p located consistently through one nucleotide in 5'UTR, with ΔG value from -115 kJ/mole to -144 kJ/mole. 
PRKG1 gene has the largest number of clustered binding sites (83), with ΔG value varying from -102 
kJ/mole to -149 kJ/mole at ΔG/ΔGm value from 87% to 95%.  
miR-15-36862-3p and miR-10-29282-3p have 23 homological binding sites in 3'UTR of UMPS gene, 
located  consistently  through  two  nucleotides,  with  ΔG  value  from  -104  kJ/mole  to  -108  kJ/mole.  The 
presence of such multiple binding sites indicates strong dependence of gene expression from each of these 
miRNAs. PLEC gene has thirty three sites, with ΔG value from -108 kJ/mole to -132 kJ/mole. The obtained 


181 
 
results show interaction of considered mRNAs with miRNA for statement, that this miRNA could suppress 
an expression of these genes with increased presumption.  
Scientific adviser: doctor of biological science, Professor Ivashchenko A.T.  
 


Достарыңызбен бөлісу:
1   ...   258   259   260   261   262   263   264   265   ...   372




©emirsaba.org 2024
әкімшілігінің қараңыз

    Басты бет