Религиозное реформаторство и атеизм Несмотря на постоянно принимаемые сегунским правительством меры контроля над интеллектуальной жизнью страны, приостановить полностью движение общественной мысли было невозможно. В работах японских мыслителей этого периода легко обнаружить некоторые черты, которые можно определить как элементы формирования мировоззрения нового времени. Постепенно исчезала трансцендентная направленность религиознофилософской мысли, появлялся критический взгляд на установившуюся систему ценностей, возникал интерес к отдельной личности, до того полностью интегрированной в социальную группу.
Андо Сёэки, известный конфуцианский ученый, порицал священнослужителей и монахов за то, что они, присвоив себе исключительное право толкования путей неба, торгуют истиной, чтобы жить не работая. В своем сборнике эссе «Истинные принципы природы» («Сидзэн синъэйдо») он дал развернутую критику феодального общества и нарисовал картину утопического крестьянского государства, где царят законы всеобщего равенства.
В тот же период ряд буддийских ученых приступил к серьезному критическому анализу канонических текстов. Дзиун Сондзя начал с этой целью изучение санскрита, в то время, как прежде богословы довольствовались китайскими текстами, и мысль о необходимости их уточнения не приходила им в голову.
Наиболее последовательную критику догматической теологии можно найти у одного из самых оригинальных японских мыслителей Томинага Накамото. Хотя его и нельзя назвать атеистом' в полном смысле этого слова, он довольно близко подошел к этому по свои взглядам. Томинага проанализировал все 3 распространенные в Японии религиозно-философских системы и показал эволюцию их догматики в ходе исторического развития. В своих трудах «Об ошибках» («Сэцухэй») и «Записки старика» («Окинано фуми») Томинага стремился раскрыть внутреннюю логику развития каждой из этих трех идеологических систем, принимая при этом во внимание язык, на котором излагались эти учения на различных этапах истории, а также национальный, социальный и культурный фон, на котором возникло и эволюционировало каждое из них. Он был единственным из буддийских богословов своего времени, который проанализировал противоречия, встречающиеся в различных сутрах, и объяснил их значение в социально- историческом аспекте. Это был уже научный подход к истории религии. Его критика буддизма была охотно использована представителями школы национальной науки, полностью проигнорировавшими при этом то обстоятельство, что Томинага религиозную доктрину синто вообще не рассматривал как самостоятельную. В целом, Томинага пришел к выводу, что ни одна из религий не может претендовать на обладание абсолютной истиной.
Еще более радикальные взгляды высказывал последователь Томинага Накамото — Ямагата Банто, — вообще отрицавший существование богов и любых сверхъестественных явлений. Он не верил также в возможность загробной жизни, считая, что душа неотделима от тела человека и, следовательно, исчезает с его смертью. Тем более странным ему казалось приписывание души горам, камням, деревьям и т. д., как это имеет место в синто. В целом, по мнению Ямагата, для объяснения поведения человека и его жизни не следовало искать причин в чем-либо другом, кроме земной жизни.