Поли- және олигосахаридтерді бөліп алу әдісі, ең алдымен әр түрлі реагенттерде еруіне және байланысты.
Көптеген жағдайларда әр түрлі полисахаридтерді су арқылы бөлме немесе жоғары температурада бөліп алады, көптеген полисахаридтердің жоғары температурада ерігіштігі артады.
Полисахаридтердің суда ерігіштігінің айырмашылығыкейде олардың фракцияларға бөлуге мүмкіндік береді. Мысалы, крахмалды жылы сумен бөліп алған кезде ерітіндіге амилоза өтеді; күшті ісінген және жоғары молекулярлы амилопектин ерітіндіге аз мөлшерде өтеді. Қышқыл полисахаридтерге, мысалы, сульфатирленген полисахаридтерге, ерітілген минеральды қышқылдар енгізеді, ол керекті тұздарды бөліп шығарады.
Сілтінің ыстық ерітіндісін кейде полисахаридтерді, сонымен бірге спиртпен тұндыруға келмейтін сілтілік альбуминаттарға және сілтілік ыдырауға ұшыраған нәруыздардан бөліп алу үшін қолданады. Әдістің кемшілігі полисахаридтердің бөлшектік деполимерленуі болып табылады. Кейде полисахаридтерді бөліп алу үшін басқа еріткіштер пайдаланылады, мысалы DMSO.
Бөліп алынған полисахаридтерді сосын тұндырады. Бұл кезде полисахаридтер тек тұнып қана коймай, сонымен қатар төменмолекулалы қоспалардан тазаланады, кейде минералды тұздардан, моносахаридтерден және төменгі олигосахаридтерден бөліп алады. Тұндырғыш ретінде көбіне этил спирті қолданылады. 80% және одан да жоғары концентрациялы этил спиртінде көптеген полисахаридтер тұнбаға түседі, ал төмен молекулалы қоспалар еріткіште қалып қояды. Спиртті аз аздан қосып және тұнбаны бөле отырып, спирттің жоғары концентрациясында тұнбаға түсетін полисахаридтерді фракциялық тұнбаға түсіруге болады.
Кейбір жағдайларда полисахаридтерді тұндыру тұз арқылы жүргізіледі. Нейтральды полисахаридтерді тұндыру кезінде олардың нейтральды тұз (мысалы, (NH4)2SO4)) қатысында ерігіштігінің төмендеу қасиетіне негізделген. Қышқылды полисахаридтерді тұндырған кезде, мысалы альгин немесе пект қышқылдары, суда аз еритін полисахаридтердің барий немесе кальций тұздары қолданылады. Бұл әдіс қышқылды және нейтралды полисахаридтерді бөлуге мүмкіндік береді.
Полисахаридтер Фелинг ерітіндісімен мысты комплекс түзіп тұнбаға түседі (жаңа дайындалған Cu(OH тартратты натрий ортасында).
Нәруыз қоспасы трихлорсірке қышқылы арқылы жойылады. Ол үшін полисахарид трихлорсірке қышқылы 5-10% ерітіледі, нәруызды коагулят центрифугалау арқылы бөліп алады, содан кейін полисахаридті спиртті ерітіндімен тұндырады. Әдіс нәруыздардан тазалау үшін қажет, бірақ полисахаридтер арасында деполимеризацияны тудыруы мүмкін. Ең тиімді әдістердің бірі Севага әдісі: полисахаридті амил спиртті хлороформмен еріткенде нәруыз жоғарғы хлороформ-сулы қабатқа өтеді.