Санитарлық-эпидемиологиялық қызмет органдары мен мекемелері келесі функцияларды атқарады
Бақылау функциясы - санитарлық-эпидемиологиялық қызмет барлық өздерінен төменде тұрған санитарлық-эпидемиологиялық қызмет мекемелерінің жұмысын, сол СЭС-ға қарасты объектілерде санитарлық нормалардың сақталуын бақылауы тиіс. Мысалы, Республикалық СЭС – облыстық, қалалық, аудандық СЭС-ды бақылайды, яғни сол СЭС-ң жұмысын жоспарлауы, жұмысының тиімділігі, есеп-қисап жұмысы т.б. жұмыстарын бақылайды.
Оперативті реттеу функциясы –бақыланатын объектілердегі гигиеналық жағдайды оперативті қадағалау және кезеңдік бағалауды ұсынады. Оған еңбек жағдайын, аурушылдық деңгейіне талдау жүргізу, медициналық қызмет көрсету саласын қадағалау жатады.
