Святейший Синод за эти годы практически не изменился. С 1885 г. в составе Синода существовал Совет по церковно-приходским школам – орган надзора за ними. Долгие годы (1880-1905) возглавлял Синод обер-прокурор К.П. Победоносцев.
Центральные государственные учреждения. В отличие от высшего аппарата управления система министерств в пореформенный период подверглась меньшим изменениям. Продолжали действовать все прежние министерства. В 1865 г. создается Министерство путей сообщения, в ведении которого находились строительство и эксплуатация казенных железных дорог, а также контроль за частными железными дорогами. В 1894 г. Министерство государственных имуществ было преобразовано в Министерство земледелия и государственных имуществ.
Если система министерств оставалась в целом стабильной, то в их внутренней организации произошли существенные изменения. В пореформенный период возросло значение Министерства финансов. Был проведен ряд реформ по упорядочению кредитной, бюджетной, налоговой системы и государственного контроля. С середины XIX в. начал публиковаться государственный бюджет, была ведена единая государственная касса, распорядителем которой стало Министерство финансов. Был создан Государственный банк «для оживления кредитной системы». С 1864 г. в аппарате Министерства существовал Департамент торговли и мануфактур, управлявший казенной промышленностью и «попечительствовавший» над частной промышленностью и торговлей. С введением акцизов на производство спиртного Департамент разных податей и сборов был разделен на два – окладных и неокладных сборов (т.е. прямых и косвенных налогов). В связи с развитием промышленности, а значит, и ростом численности пролетариата при Министерстве финансов была создана фабричная инспекция, позднее – Главное по фабричным и заводским делам присутствие.
С 1851 г. в составе Министерства внутренних делфункционировал Земский отдел. Новыми подразделениями Министерства стали также Главное управление по делам печати и Главное тюремное управление (в 1895 г. передано в состав Министерства юстиции). В 1880 г. при МВД образован Департамент государственной полиции (политической), Позднее происходит его объединение с Департаментом исполнительной полиции и Судебным отделом Министерства. Новая структура с 1883 г. стала именоваться Департаментом полиции. Во главе Департамента полиции стоял директор, однако общее руководство им возлагалось на товарища (заместителя) министра, который одновременно являлся, как правило, и начальником отдельного корпуса жандармов.