1913 жылдан бастап Орынборда Бөкейханов, Байтұрсынов, Дулатов «Қазақ» газетін шығара бастады. Басылымның алға қойған ұстанымы Мұхамеджан Тынышбаевтың да көкейіне қона кетті. Осылайша ол «Қазақ» газетінің жұмысына белсене араласады. Мұхамеджан Тынышбаев Əлихан Бөкейхановтың төңірегінде топтасқан қазақтың ұлттық-демократиялық көзқарастағы интеллигенция серкелерінің бірі ретінде 1907 жылдан 1917 жылдың жазына дейін қазақтың тұңғыш «Алаш» партиясын құрады. Бірінші жалпықазақ съезіне қатысып, Бүкілресейлік құрылтай жиналысына депутаттыққа кандидат ретінде ұсынылды. Түркістан өлкесінде жұмысшы жəне солдат депутаттары кеңесінің билікті өз қолына алу жолындағы əрекетіне қарсылық танытты. Түркістан өлкесі мұсылмандарының төртінші съезіне қатысып, онда құрылған Түркістан (Қоқан) автономиясының уақытша үкіметі төрағасы жəне Ішкі істер министрі болып сайланды. Көп ұзамай ол бұл қызметінен бас тартты. Оның орнына Мұстафа Шоқай тағайындалды.
Халыққа азаттық əпермек болған істерінен нəтиже шықпай, кеше өзі қарсы болған «қызылдарға» қызмет етуге мəжбүр болған Мұхамеджан бар күшін халықтың тарихи санасын қалыптастыруға жұмсап, ғылыми-зерттеу жұмысымен айналысады. Қазақ халқының арғы-бергі тарихынан қалам тартып, зерттеу еңбектерін жариялайды. Қазақ шежіресін түзейді.
