Екінші топ факторлары антигеннің организмге ену және одан шығару қарқынымен байланысты. Антигеннің иммуногендігі оның организмге еңгізу тәсілене байланысты екені әйгілі. Бұл қасиет иммундық жүйенің антиген қонақтайтын жерлерінің анатомиялық және топографиялық құрлыс ерекшелігі мен иммундық жүйенің жетілуіне негізделген. Бұл жағдаймен вакцина еккенде міндетті түрде санасу керек. Иммундық жауапқа антигеннің организмге еңген саны әсер етеді: саны неғұрлым көп болса, ол соғұрлым иммундық жауапты қарқындату мүмкіншілігін тудырады. Бірақ, антигенді кемелінен асырып еңгізсе, онда керісінше иммунологиялық толеранттық деп аталатын көрініс туады.
Антигеннің өлшемі мен иммундық жауап күшінің арасында белгілі логарифмдік теңдік бар ( А.А.Воробьев, А.В.Маркович ). IgH = альфа + бетаIgD - Альфа және Бета антигеннің иммуногендігі мен макроорганизмнің иммундық жауабын сипаттайтын коэффициент. Н – иммундық жауаптың күші, D – антигеннің саны.
Үшінші топ факторлары, макроорганизмнің жағдайына байланысты иммуногендіктің тәуелділігін анықтайды. Осыған сәйкес бірінші шепте тұқымқуалаушылық факторлар болады. Иммунизацияның нәтижесі әрбір дараның генотипіне байланысты екені жақсы мәлім. Табиғатта белгілі антигендер түріне сезімтал, не сезімтал емес жануарлардың туыстастықтары мен түрлері бар. Олар әр түрлі жануарларға тәжірибелер жүргізілгенде қолданылады. Мысалы, ор қоян және егеуқұйрық кейбір бактерия антигендеріне жауап бермейді, ал теңіз шошқасы мен тышқан оларға қарқынды иммундық жауап береді.Тіпті түр тобының ішінде еңгізілген антигенге әртүрлі жауап беретін жақын туыстас даралар тобын табуға болады (инбредті жануарлар ұрпағы).
Тышқандарда қарапайым антигенге жауапты бір ғана ген барлығы және ол тұқымнан тұқымға доминантты модус түрінде тарайтындығы , ал күрделі антигендерге иммундық реакция көп санды гендермен бағдарланатыны гибридологиялық зерттеулер тәсілімен анықталған. Тышқандар мен егеуқұйрықтарда антигенге жауаптың күші тікелей басты гистиосәйкестік кешенмен байланысты екені нақтылы дәләденген. Айтылған көрініс адамдар арасындағы екпеге қарсы әр түрлі сезімталдықпен жауап беру түрінде кездеседі, сондықтан олар иммунологиялық реактивті және иммунологиялық оқшау топтарына бөлінеді. Сонымен қатар, генетикалық жақындыққа макроорганизмнің функционалдық жағдайы: қөнілкүйі, гормоналдық жағдайы, зат алмасу процестерінің қарқыны бірталай әсер етеді. Сондықтан, әр жеке дараның, не болмаса бұкіл адамзаттың әр жас шағында, бір текті антигенге әртүрлі сезімталдық көрсетуі осыған байланысты.
Сөйтіп, антигеннің өте маңызды иммуногендік қасиеті тек қана ғылыми зерттеуде ескеріліп қоймай, барлық жағдайда ойда болуы керек. Вакцина егудің популяциялық мәселелері иммуногендікпен, дәл айтса антиген енгізген кезде макроорганизмнің жеке даралық жауабымен байланысты. Вакцинаның дербестік өлшемін анықтау күрделі болғандықтан, әдетте, жоғарғы пайызды оң иммундық жауап беретін мөлшер алынады. Эпидемияның алдын алу үшін, не оның қарқынын баяулатып доғару үшін, қоғамда вакцинация жасалған адамдардың 95 пайызында иммунитет түзілуі керек. Жоғарғы айтылған факторларды қолданып антигеннің иммуногендігін бағыттап басқаруға болады. Антигеннің қасиеттерін бейспецификалық әсер етумен үдететін заттар тобы бар. Олар адьюванттар, және иммундымодуляторлар деп аталады. Осындай тиімді әсер ету вакцина жасағанда, иммундық емдеуде, иммундық алдын алуда және ғылыми-зерттеуде кең пайдаланылады.
Спецификалық.Спецификалық дегеніміз антигеннің тек қана белгілі бір эпитопқа иммундық жауап туғызу мүмкіншілігі. Бұл қасиет иммундық жауаптың құрылу кезіндегі ерекшелікпен байланысты, сондықтан иммундық жауапты жасушылардың рецепторлары тек қана бір белгілі антигеннің эпитобына жауап беруге арналған. Соған қарай антигеннің спецификалығы көбінесе сол эпитоптардың құрылымдық қасиетімен анықталады. Бірақ, әрқашанда эпитоптар құрылысының әртүрлі екенін және антигенге жауап беретін лимфоциттердің спецификалық гетерогенділігі де есте болу керек. Соның нәтижесінде антигендік тітіркенуге организм көпклоналды иммундық жауап қайырады. Кейбір антигендік эпитоптар бір уақытта 100-ден астам эффекторлық лимфоциттердің клонымен өзара қатынасатыны анықталған. Бұл көрініс спецификалық иммундыглобулиндердің аффиндығының, кең спектрлығының негізі, және де мұндай иммундыглобулиндерді поликлоналды деп атайды.