Химиялық заттардың әсері. Химиялық заттар микроорганизмдерге әртүрлі әсер етеді: қорек көзі ретінде бола алады; ешқандай әсер етпеуі мүмкін; өсуін ынталандыруы немесе тежеуі, жоюы мүмкін. Антимикробты химиялық заттардың бактериоцидті, вирулицидті, фунгицидті қасиеті болғандықтан, оларды антисептикалық және залалсыздандырушы заттар ретінде пайдаланады.
Дезинфекцияда кеңінен қолданылатын химиялық заттарға хлор-, йод- және бромы бар қосылыстар мен тотықтырғыштар жатады.
Биологиялық факторлардың әсері. Микроорганизмдер бір-бірімен өзара әртүрлі қатынастарда болады. Әртүрлі екі организмдердің бірге тіршілік етуі-симбиоз (грек тілінде symbiosis –бірге тіршілік ету) деп аталады. Пайдалы өзара қатынастардың бірнеше варианты бар:метабиоз, мутуализм, комменсализм, сателлизм (15 - сурет).
Метабиоз-біреуі екіншісінің тіршілік өнімін пайдаланатын микроорганизмдердің өзара қатынасы. Метабиозға нитрифицирлеуші бактериялар өздеріне қажетті аммиакты-аммонифицирлеуші топырақтық бактерияның тіршілік өнімін алатын симбиоз жатады.
Мутуализм - әртүрлі организмдердің өзара пайдалы арақатынасы. Мутуалистік симбиозға мүктер- саңырауқұлақ пен көк-жасыл балдырлар симбиозы мысал бола алады. Балдыр жасушасынан органикалық заттарды алып, саңырауқұлақ балдырларға минералды тұздарды жеткізіп, оларды кеуіп кетуден қорғайды.
Комменсализм (лат.-kommensalis –бірге тамақтанушы)әртүрлі даралардың бірге тіршілік етуі, мұндай симбиозда бір түр басқасына зиянын тигізбей өзіне пайда түсіреді. Адамның қалыпты микрофлорасының өкілдері - бактериялар комменсал болып табылады.
Сателлизм- бір микробтың әсерінен екінші микробтың өсуінің күшеюі. Мысалы, ашытқы мен сарцина колониялары қоректік ортаға метаболиттер бөліп, басқа микробтардың өсуін ынталандырады. Микроорганизмдердің бірнеше түрлері бірге өскенде, олардың физиологиялық функциялары мен қасиеттері белсендірленіп, олардың субстратқа әсер етуі жылдамдайды.
Антагонистік өзара қатынас немесе антагонистік симбиоз, бір микроб басқасына қолайсыз әсер етіп, оның зақымдаулына, тіпті жойылуына әкеледі. Антагонист –микроорганизмдер топырақта, суда және адам организмі мен жануарларда кең таралған. Адамның тоқ ішегінің қалыпты микрофлорасының өкілдері-бифидобактериялар, лактобактериялар, ішек таяқшаларының және т.б. бөгде және шіріткіш микрофлораға қарсы антагонистік белсенділігі жоғары. Антогонистік өзара қатынастың механизмі әртүрлі. Антагонизмнің кең таралған түрі-микроорганизмдердің арнайы зат алмасу өнімдері-антибиотиктер түзуі, ол басқа микроорганизмнің дамуын тежейді. Антагонизмнің басқа көріністері де бар, мысалы, жылдам көбею, бактериоциндер, соның ішінде колициндер өндіру, органикалық қышқылдар өндіру және ортаның рН-ын өзгертетін өнімдерді түзу т.б.Антагонизм негізінде қорек көзіне бәсекелестік түрінде дамуы мүмкін: антагонист микроорганизм үдемелі дамып, қоректік заттарды азайту арқылы басқа микробтардың өсуін тежейді. Микроорганизм басқа организмді қорек көзі ретінде пайдаланса, паразитизм деп аталады. Паразитизмге мысал ретінде, бактериофаг пен бактерияның арақатынасын, сол сияқты бделловибриондардың (ұсақ бактериялар, әдеттегі грам теріс бактериялардың паразиттері ) өзара қатынастарын жатқызуға болады.