Қоңыр балдырлардың клеткасы целлюлозды қабықпен қапталған,оның сыртында пектинді заттар болады да,клетка қабығы кілегейленіп тұрады.Клеткалары шар,эллипсоид,күбі тәрізді,дөңгелек кейде көп бұрышты не белгілі формасы жоқ болып келеді.Протоплазмасында бір ядросы,хлоропласталары және өте уақ тек электронды микроскоппен ғана көрінетін пиреноидтары болады.Қарапайым түрлерінде хлоропласталары пластинкалы,лента пішінді бір не бірнешеу,ал күрделі құрылымдарында дән сияқты көптеп келеді.Клетка құрамында басқа балдырларда болмайтын физод деп аталатын жас клеткаларда түссіз,ал ересек клеткаларда сары-қоңыр көпіршік болады.Қор заты ретінде крахмалдың орнына жай қант,ламинарин,кейде май не манит жиналады.
