17 июля 1916 года в Туркестанском военном округе было объявлено военное положение.
К 11 августа 1916 года конные отряды киргизских мятежников нарушили телеграфную связь между Верным, Пишпеком, Ташкентом и европейской Россией. Отряды дунган вырезали русские сёла Иваницкое и Кольцовка в окрестностях Пржевальска. Восставшие жгли деревни русских переселенцев, казаков, рабочих. В телеграмме военному министру от 16 августа 1916 года туркестанский генерал-губернатор и командующий войсками Туркестанского военного округа Алексей Куропаткин сообщал, что Касым-Ходжа, имам главной мечети селения Заамин, провозглашённый «Зааминским беком», организовал убийство местного пристава Соболева, после чего назначил «министров» и объявил поход на станции Обручево и Урсатьевскую. Генерал-губернатор Степного края Николай Сухомлинов отсрочил призыв местного населения на тыловые работы до 15 сентября 1916 года, однако это не остановило восстание в крае. Не помогли и призывы лидеров местного движения «Алаш» А. Букейханова и А. Байтурсынова к населению не оказывать сопротивления, чтобы уберечь безоружный народ от жестоких репрессий. Эти лидеры местного населения неоднократно пытались убедить администрацию не спешить с мобилизацией, провести подготовительные мероприятия, а также требовали обеспечить свободу совести организовать обучение киргизских и казахских детей на родном языке с созданием для них интернатов и пансионатов, а также учредить местные газеты. В то же время ряд радикальных представителей киргизской и казахской интеллигенции (Бокин, Ниязосков, Жунусов) решительно призывали народ к вооружённому сопротивлению.
Против восставших были направлены войска численностью около 30 тысяч человек с пулемётами и артиллерией. Вспомогательную роль играли ополчения из местных казаков и русских поселенцев. Уже в конце лета восстание было подавлено в Самаркандской, Сырдарьинской, Ферганской и ряде других областей, а в сентябре-начале октября было подавлено восстание и в Семиречье. Последние остатки сопротивления были подавлены в конце января 1917 года в Закаспийской области.
Русская армия достаточно легко подавила мятеж. Даже силами отдельных разъездов удавалось рассеивать крупные скопища мятежников.