Реферат тақырыбы: Кванттық химиялық есептеулердің компьютерлік бағдарламалары Оқытушы: Калабаева М. К
Firefly (бұрынғы атауы PC GAMESS) -
жүктеу/скачать 243,87 Kb.
|
| Firefly (бұрынғы атауы PC GAMESS) - Intel үйлесімді x86, AMD64 және EM64T процессорларында жоғары өнімділікті қамтамасыз етуге арналған, еркін қолжетімді ab initio және DFT есептеу химиясы бағдарламасы.
Firefly — Project Firefly командасы әзірлеген пакет. Жобаның үйлестірушісі және жетекші әзірлеушісі – доктор Алекс Грановский. Бағдарламаның ұзақ тарихы бар. Жоба 1994 жылы іске қосылды. Ол бастапқыда «PC GAMESS» деп аталды және GAMESS (АҚШ) ISUQCG бастапқы кодына (1999 жылдың 25 қазанына дейінгі нұсқалары) негізделген, көптеген маңызды салаларда оның функционалдығын кеңейтті. Дегенмен, 1999 жылдан бастап GAMESS (АҚШ) бірде-бір бөлігі GAMESS ДК құрамына кірмеді, өйткені GAMESS ДК (қазіргі Firefly) дамуы GAMESS (АҚШ) әзірлеуінен толығымен тәуелсіз болды. Дегенмен, осы екі бума арасындағы енгізу және шығару файлдарының жоғары үйлесімділігі әртүрлі бағдарламаларда барынша жоғарылады. Дегенмен, 2008 жылға дейін тарихи тамырына байланысты пакет атауы «PC GAMESS» болды, ол ISUQCG веб-сайтынан GAMESS (АҚШ) дистрибутивінің бөлігі ретінде таратылды. 2008 жылдың күзінен бастап Project Firefly командасы, сондай-ақ Firefly өзі ISUQCG және GAMESS тобынан (АҚШ) толығымен бөлініп шықты. 2009 жылдың 4 желтоқсанындағы жағдай бойынша пакет Firefly деп аталды. HyperChem - атомдық және молекулалық құрылымдарды кванттық механикалық модельдеуге арналған кешенді бағдарламалық өнім. Ол молекулалық механика, кванттық химия және молекулалық динамика әдістерін жүзеге асыратын бағдарламаларды қамтиды. HyperChem-те қолдануға болатын молекулалық механиканың күш өрістері: MM+ (MM2 негізінде), Сары, OPLS және BIO+ (CHARMM негізінде). Бұл бағдарлама жартылай эмпирикалық әдістерді жүзеге асырады: кеңейтілген Hückel әдісі, CNDO, INDO, MINDO/3, MNDO, AM1, PM3, ZINDO/1, ZINDO/S және т.б. Ab initio (Хартри-Фок) және тығыздықтың функционалдық әдістері ұсынылған. HyperChem бағдарламалық пакеті молекулалардың, молекулааралық кешендердің және наноқұрылымдардың геометриялық, электронды, спектрлік және магниттік сипаттамаларының аб-бастапқы және жартылай эмпирикалық есептеулерін жүргізуге, сонымен қатар кешендердің ауысу күйлерінің энергиясын есептеуге, электронды және тербелістерді есептеуге мүмкіндік береді. спектрлер, гидратация (тұз) қабықшаларындағы жүйелердің сипаттамалары, кристалдық сипаттамалардың қарапайым есептерін шығарады. Бұл пакет ең алдымен компьютерлік химия мен нанофизикадағы есептеу есептерін шешуге арналған. Көптеген жағдайларда есептеу нәтижелерін эксперименттік деректермен салыстыруға болады. MOPAC - есептеу химиясында қолданылатын танымал компьютерлік бағдарлама. Ол жартылай эмпирикалық кванттық химияны жүзеге асыруға арналған және Windows, Mac және Linux жүйелерінде жұмыс істейді. MOPAC2016 - ағымдағы нұсқасы. MOPAC2016 PM7, PM6, PM3, AM1, MNDO және RM1 көмегімен шағын молекулалар мен ферменттер үшін есептеулерді орындауға қабілетті. Sparkle үлгісі (лантанидтер химиясы үшін) да қол жетімді. Академиялық пайдаланушылар бұл бағдарламаны тегін пайдалана алады, ал мемлекеттік және коммерциялық пайдаланушылар бағдарламалық жасақтаманы сатып алуы керек. MOPAC негізінен Остиндегі Техас университетіндегі Майкл Дьюардың зерттеу тобымен жазылған. Оның атауы Molecular Orbital PACkage сөзінен шыққан және сонымен қатар Остиннің айналасында өтетін Mopac Expressway жолындағы сөз тіркесі болып табылады. MOPAC2007 жаңа Sparkle/AM1, Sparkle/PM3, RM1 және PM6 үлгілерін қамтиды, бұл SSD мүмкіндіктеріне көбірек көңіл бөледі. Дегенмен, оның әлі MINDO/3, PM5, аналитикалық туындылары, Томаси шешу моделі және қиылысуы жоқ. MOPAC2007 2008 жылы MOPAC2009 шығарылымымен жалғасты, ол көптеген жақсартылған мүмкіндіктерді ұсынады. Соңғы нұсқалар MOPAC6 және MOPAC7 сияқты бұрынғы нұсқалардағыдай бұдан былай жалпыға қолжетімді бағдарламалық құрал болып табылмайды. Дегенмен, жақында MOPAC7-ді ашық бастапқы бағдарламалық құрал ретінде сақтау әрекеттері болды. Linux жүйесіне арналған MOPAC7 бағдарламасының ашық бастапқы нұсқасы да қол жетімді. MOPAC авторы Джеймс Стюарт 2006 жылы толығымен Fortran 90 жүйесінде жазылған MOPAC7 нұсқасының жалпыға қолжетімді нұсқасын шығарды, ол MOPAC7.1 деп аталады. ORCA – псевдопотенциалдарды пайдалана отырып, жазық толқындар негізінде DFT әдістерін қолдана отырып, наноөлшемді жүйелерді есептеуге арналған заманауи пакет. Бұл нұсқада ол бар бір нүктелік есептеулерді орындау мүмкіндігі Хартри-Фок және DFT деңгейлеріндегі SCF. Бағдарлама құрылымдық, спектрлік және термодинамикалық нанобөлшектердің қасиеттерін есептейді. жүктеу/скачать 243,87 Kb. Достарыңызбен бөлісу:
|