Сабақтың мақсаты: студенттерге ncbi сайтымен жұмыс істеу және кілт сөздермен және кеңейтілген іздеу Сабақтың жоспары

жүктеу/скачать 308,03 Kb.

бет	1/2
Дата	22.09.2023
өлшемі	308,03 Kb.
	#109739
түрі	Сабақ

1 2

Сабақтың жоспары
Кілт сөздерімен іздеу

Зертханалык жұмыс 1.
Тақырып: Тізбектерді іздеу. Кілт сөздермен іздеу

Сабақтың мақсаты: студенттерге NCBI сайтымен жұмыс істеу және кілт сөздермен және кеңейтілген іздеу

Сабақтың жоспары:
1. АҚШ Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығының порталы: ncbi.nlm.nih.gov таңысу
2 Кілт сөздермен ақуыз іздеу
3 Кеңейтілген іздеу режимі

Тапсырма 1

1. Биологиядағы ақпаратты іздеудің орталық ресурстарының бірі АҚШ Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығының порталы: ncbi.nlm.nih.gov .Көрсетілген мекен-жай бойынша веб-шолғышқа өтіңіз

2. Ашылмалы тізім сізге қажетті типтегі мәліметтер базасын таңдауға мүмкіндік береді (мысалы, ақуыз – белоктар тізбегін, нуклеотид – нуклеин қышқылдарын, құрылымдық-биомолекулалардың кеңістіктік құрылымдарын, Pubmed-ғылыми жарияланымдарды іздеу).

Кілт сөздерімен іздеу
1.2. Гемоглобин ақуызына қатысты жазбаларды табыңыз. Ол үшін ашылмалы тізімнен протеин бөлімін таңдап, Hemoglobin енгізу өрісіне енгізіп, Іздеу немесе Enter пернесін басыңыз. Нәтижесінде экранда осы сөзді қамтитын барлық жазбаларға сілтемелер көрсетіледі.

1.3. Нәтижелер тізіміндегі бірінші жазбаға сілтеме бойынша өтіңіз. Жазба дәйектілік туралы ақпаратты қамтитын бас әріптермен белгіленген өрістерден тұрады. Төменде кейбір өрістердің сипаттамасы берілген.

LOCUS	Бұл өрісте төменде сипатталған бірнеше элементтер бар.
Locus Name	Мысалы, AAA29796. Жазбаның немесе реттіліктің бірегей идентификаторы (коды).
Sequence Length	Мысалы, 333 aa. Реттілік ұзындығы.
GenBank Division	Genbank деректер банкінің бөлімі, оған дәйектілік жатады. Мысалы, INV. Бөлімдер белгілі бір организмнен тізбектің пайда болуын, реттілікті анықтау технологиясын немесе басқа ерекшеліктерді көрсетеді:

PRI – primate sequences	Приматтар
ROD – rodent sequences	Кеміргіштер
MAM – other mammalian sequences	Басқа сүтқоректілер
VRT – other vertebrate sequences	Басқа омыртқалылар
INV – invertebrate sequences	Омыртқасыздар
PLN – plant, fungal, and algal sequences	Өсімдіктер, саңырауқұлақтар, балдырлар
BCT – bacterial sequences	Бактериялар
VRL – viral sequences	Вирустар
PHG – bacteriophage sequences	Бактериофагтар
SYN – synthetic sequences	Синтетикалық реттілік
UNA – unannotated sequences	Сипатталмаған реттілік
PAT – patent sequences	Патентке енгізілген реттілік
ENV – environmental sampling sequences	Қоршаған орта үлгілерінің реттілігі

Modification Date	Жазбаның соңғы өзгертілген күні. Мысалы, 26-APR-1993.
DEFINITION	Реттіліктің қысқаша сипаттамасы.
ACCESSION	Бірегей жазба идентификаторы. Пішім реттілік түріне байланысты. Мысалы, AAA29796.
VERSION	Бірегей реттілік идентификаторы. Мысалы, AAA29796.1. Accession сақтай отырып, бар жазбаға түзетулер енгізілген кезде өзгереді.
GI - "GenInfo Identifier"	Тағы бір реттілік идентификаторы. Кез келген реттілікті өңдеу кезінде өзгереді, сондықтан ол нұсқа бөліміне кіреді.
KEYWORDS	Реттілікті сипаттайтын кілт сөздер. Мұндай болмаған жағдайда нүкте қойылады.
SOURCE	Ағзаның бейресми атауы-жүйелілік көзі.
ORGANISM	Ағзаның ресми атауы және оның таксономиясы.
REFERENCE	Осы жазбадағы ақпаратты қамтитын Жарияланымдар.
AUTHORS	Авторлар тізімі.
TITLE	Жұмыс атауы.
JOURNAL	Журнал атауы.
FEATURES	Гендердің сипаттамасы, олардың экспрессия өнімдері, сондай-ақ реттілік аймақтары.
ORIGIN	"GenBank" форматындағы реттілік.

жүктеу/скачать 308,03 Kb.

Достарыңызбен бөлісу:

1 2