Шағын жинақты мектептердің басты мәселелерін былай көрсетуге болады: - қосалқы сыныптарда оқу өткізудің ыңғайсыздығы;
- аз толтырылған сыныптарда оқытудың дәстүрлі әдістемелерінің артық болуы;
- кәсіптік білім беруді ұйымдастыруға мүмкіндік жоқтығы;
- қосымша білім беру ұйымдарының және мәдени орталықтардың жоқтығы;
- арнайы ғылыми-әдістемелік кешендердің болмауы;
- мұғалімдердің, әсіресе, тәжірибесіз жас мамандардың шағын жинақты мектеп ерекшелігіне байланысты оқыту үдерісіне дайын болмауы;
- мұғалімдердің біріктірілген сыныптардағы сабаққа дайындалу, өткізу барысында шамадан тыс жүктеме орындағанына қарамастан, еңбекақыларына үстемеақы қосылмауынан, ынталарының төмендеуі;
- әмбебап кәсіби педогогикалық мамандардың жетіспеушілігі;
- мұғалімдер ұжымының орташа жас көрсеткішінің жоғарылығы;
- материалдық-техникалық базаның нашарлығы;
- оқу үдерісінің интерактивті-мультимедиялық құралдармен, зертханалар мен компьютерлік сыныптармен жасақталмауы, жасақталған күнде де мұғалімдердің барлығының бірдей ондай заманауи құрылғылармен жұмыс істеуге дайын болмауы;- сыныптағы оқушы санының аздығына қарамастан, жыл санап ҰБТ көрсеткішінің төмендігі.
Республика бойынша шағын жинақты мектептердің жұмысын ұйымдастыруға кедергі болатын мәселелер ортақ, сондықтан да оларды шешуде де барлық осындай деңгейдегі мектеп ұжымы ортақтасып еңбек еткені абзал.
Шағын жинақты мектеп саны жыл өткен сайын көбеймесе, азаймай отырғаны белгілі. Олай болса, бұндай мектептегі оқу сапасы барлық ел азаматтарының білім көрсеткішіне әсер етеді. Ал оқу сапасы оқу үдерісінің дұрыс ұйымдастырылуына байланысты. Сондықтан да ғылыми жұмыс тақырыбы бүгінгі таңда өзекті болып саналады.