В современной филогенетической систематике можно выделить три крупные группы методов:
I. Биологические методы, то есть методы основанные на изучение самих растительных организмов В пределах группы биологических методов выделяются следующие методы:
1. Морфологические методы, которые включают в себя собственно морфологический, анатомический, карпологический (т.е. изучение плодов растений), палинологический (изучение пыльцы), кариологический (изучение содержимого клеточных ядер) и тератологический (изучение уродов растительного мира).
2. Биохимические методы, основанные на изучении биохимических превращений в растительных организмах.
3. Физиологические, в основе которых лежит изучение физиологических процессов и реакций растений.
4. Собственно биологические: генетические, онтогенетические (изучение развития организма от зарождения до биологической смерти) и гибридологические (изучения гибридов и их генетических и биологических проявлений).
II. Топологические методы, основанные на изучении среды обитания растений.
К ним относятся:
1. Географический метод - изучение современного распространения растений.
2. Экологический метод, основанный на изучении местообитания растений.
3. Фитоценологический, основывается на изучении структуры растительных сообществ.
III. Вспомогательные или математические методы, к которым относятся вариационно-статистическая обработка и корреляционный анализ.
