Победа Октябрьской революции вызвала сопротивление свергнутых эксплуататорских классов, действовавших совместно с иностранными империалистами и под их руководством. Началом Гражданской войны является антисоветский мятеж Чехословацкого корпуса в мае 1918 года, военнопленным солдатам которого Советское правительство разрешило вернуться домой. Корпус растянулся через всю Россию и в момент мятежа захватил власть в Новосибирске, Томске, Омске, Петропавловске, Акмолинске, Атбасаре, Кустанае и других городах. В июне 1918 года Советская власть была свергнута в Семипалатинске, Оренбурге. Летом 1918 года большая часть Казахстана была захвачена белогвардейцами. 2 сентября 1918 года ВЦИК издал декрет об объявлении Советской республики военным лагерем. Гражданская война на территории Казахстана имела свои особенности:
1. отсутствие сплошной линии фронта, партизанская борьба;
3. дислокация на территории Казахстана четырех казачьих войск (Оренбургского, Уральского, Сибирского, Семиреченского);
4. близость внешних границ и возможность получать белогвардейцам помощь из-за рубежа.
В ходе гражданской войны были образованы Восточный и Туркестанский фронты, локальными фронтами являлись: Актюбинский, Уральский, Семиреченский. С лета 1919 по лето 1920 гг. практически весь Казахстан был освобожден от белогвардейцев и ликвидированы фронты.
В ходе гражданской войны было принято постановление от 4 апреля 1919 года, объявивший о прекращение преследований и наказаний за контрреволюционную деятельность алашордынцам и другим казахам, боровшимся против советской власти. А.Байтурсынов анализируя «Декларацию прав народов России» писал, что «предпочитает Советскую власть колчаковской». Переход на сторону советской власти большой группы своих сторонников в марте 1920 года возглавил А.Байтурсынов.