РекомбинанттыДНҚ молекуласын конструкциялау. Бактериалды жасушаға ендірер алдында, молекулалық деңгейде клондауға арналған ДНҚ сегментінің (геннің) репликацияға қабілетті, яғни репликонды болуы қажет. Алайда ол мұндай қабілетке ие емес. Сондықтан олардың жасушаға тасымалдануы мен жасушадағы клондалған гендердің белгілі болып тұруын қамтамасыз ету үшін, оларды генетикалық векторлармен біріктіреді.
Векторлар дегеніміз – гендерді пробиркадан биологиялық зерзатына тасымалдау жəне оларда қалыпты қызмет етулерін қамтамасыздандыруға қажетті генетикалық құрылым. Вектор ретінде плазмидалар мен фагтар бола алатындықтары жөнінде біздер білеміз. Плазмидалардың қандай да бір антибиотиктерге резистентті болуы бактерияларды осындай антибиотиктерге седәрісжүргізуге мүмкіндік тудырады жəне рекомбинантты ДНҚ молекуласының оңай анықталуы себепті, олар жақсы векторлар болып саналады.
Рекомбинантты ДНҚ молекуласын конструкциялауды, зерттелетін ДНҚ мен векторлық ДНҚ рестрикталарын алғаннан кейін бастау қажет болады. Мұның мəні – зерттелетін ДНҚ рестрикт сегментін (бөлшегін) векторлық ДНҚ рестриктасымен қосуға саяды жəне соның нəтижесінде олардың пішіні шеңберлі құрылымнан, ұштары «жабысқақ» болып келетін түзу сызықты ДНҚ бөліктеріне айналады.
Кейіннен плазмидалық ДНҚ бөліктері лигаза ферменттерінің əсерімен сырттан əкелінген ДНҚ бөліктерімен қосылады. Нəтижесінде плазмида қайтадан шеңберлі 18 құрылымына ие болады. Мұндай жұмыстарда көптеген плазмидалар пайдалануы себепті, құрамында əртүрлі гендері бар ДНҚ комбинациялары түзілуі мүмкін.
Көптеген рестриктазалар, мысалы Eco R-І сияқтылар төрт негізден тұратын «жабысқақ» ұштыларды шығарады. Осындай төрт негізден тұратын «жабысқақ» ұштыларды лигирлеу төменгі температураларда (120С дейін) жүреді.
Егерде рестрикциялау барысында «жабысқақ» ұшты бөлшектер пайда болмаса, оларды трансфераза ферменттерін қолдана отырып «жабысқақ» ұштыларға «мəжбүрлі» түрде айналдырады. Бұл фермент ДНҚ-ның 31 ұшына нуклеотидтерді қосады. Бір бөлшегіне поли-А құйрықшасы жалғанса, екіншісіне – поли-Т құйрықшасы жалғанады. Қажетті ұшты ДНҚ-ын алу үшін – полимеразды тізбектік реакциясы (ПТР немесе орысшасы – полимеразная цепная реакция – ПЦР) деген де қолданылады. ПТР-ның мəні – жасушадан бөлініп алынған ДНҚ-ын денатурациялау мен «күйдіру» жəне ДНҚ олигонуклеотидтерінің əрқайсысы 15-20 нуклеотидтерден тұратын ренатурацияланатын үзіктеріне жалғау болып табылады.