11-Билет Биологиялық қосымшаларға барынша сәйкес келетін «ақпарат» ұғымының анықтамасын тұжырымдаңыз
Микрочиптерге арналған зондтарды таңдау
жүктеу/скачать 44,94 Kb.
|
11 20биоинформатика
- Бұл бет үшін навигация:
- 3.ДНҚ микроматрицалары
| 2.Микрочиптерге арналған зондтарды таңдау
Матрица әдетте күрделі РНҚ зондымен будандастырылады; мұндай зонд белгілі бір типтегі жасушадан алынған РНҚ молекулаларының жиынтық қоспасын белгілеу арқылы жасалады. Осылайша, зондтың құрамы бастапқы жасушадағы жеке РНҚ молекулаларының салыстырмалы санын көрсетеді. Егер қанықпаған будандастыру жүргізілсе, онда микроматрицаның әр элементінің сигнал қарқындылығы зондтағы тиісті РНҚ-ның салыстырмалы құрамын білдіреді, сондықтан бірнеше мың геннің салыстырмалы экспрессия деңгейлерін бір уақытта бейнелеуге мүмкіндік береді. Жеке ДНҚ клондарын субстратқа автоматты түрде қолдану әдісі кеңінен қолданылады (арнайы композициямен қапталған слайд), мысалы, сиялы принтердің көмегімен (ink-jet printing, IJP). Мұндай IJP ДНҚ шаблондарының тығыздығы бір шаршы сантиметрге 5000-ға дейін болуы мүмкін. Элементтерде будандастыру басталғанға дейін денатурациялануы керек ұзындығы 400 bp-ге дейінгі қос ішекті ДНҚ молекулалары бар (зерттелетін геномнан немесе cDNA молекуласынан алынған клондар) (38-сурет). Біріншіден, ДНҚ клондары көбейіп, субстратқа қолданылады, нәтижесінде микроматрицалар алынады (38-сурет(а)). Сонымен қатар, РНҚ-ның анықтамалық фрагменттері мен зерттелетін РНҚ фрагменттері ДНҚ фрагменттеріне қайта жазылады және спектрдің әртүрлі аймақтарында (қызыл және жасыл) ерекшеленетін әртүрлі флуоресцентті бояғыштармен белгіленеді. Содан кейін бұл флуоресцентті зондтар ДНҚдан микроматрицаға будандастырады (38-сурет(а)). Осыдан кейін, будандастырылмаған зондтарды алып тастау үшін микроматрицаны сумен жуады, лазерлі қоздыру көмегімен микроматрицаның барлық элементтеріндегі (гендеріндегі) әрбір бояғыштың флуоресценциясының қарқындылығын өлшейді және осы деректерді эталонмен салыстырғанда зерттелетін үлгідегі ген экспрессиясының салыстырмалы деңгейіне түрлендіреді 3.ДНҚ микроматрицалары ДНҚ микроматрицаларын қолдана отырып, гендердің экспрессиясын талдау ең нәтижелі болып табылады. ДНҚ микроматрицасы-бұл Нейлон сүзгісінің немесе слайдтың миниатюралық субстратына орналастырылған ДНҚ жіптерінің матрицасы (көбінесе белгілер немесе жасушалар деп аталады). ДНҚ микроматрицалары келесі мақсаттарда қолданылады. 1.Жасушалардың күйін және олардағы процестерді зерттеу. Жасушаның күйіне байланысты дифференциалды өрнекті талдау, мысалы,споралардың пайда болуы немесе аэробты метаболизмнен анаэробты метаболизмге өту сияқты процестердің механизмдерін шешуге көмектеседі. 2.Аурулардың диагностикасы. Мутацияның бар-жоғын тексеру генетикалық аурудың диагнозын растауы мүмкін. Кеш көрінетін белгілерді анықтауға болады, мысалы, Хантингтон ауруы жағдайында және болжамды ата-аналарда ұрпақтарға қауіпті Гендерді анықтау (отбасын жоспарлау бойынша ұсыныстар). 3.Генетикалық ескерту белгілері. Кейбір аурулар тек генотиппен анықталмайды, бірақ олардың даму ықтималдығы белгілі бір гендердің мінез-құлқына байланысты және олардың көрінісі бойынша бағалануы мүмкін. Белгілі бір ауруға бейімділік туралы білетін адам кейбір жағдайларда өмір салтын өзгерту арқылы аурудың дамуына жол бермейді. 4.Дәрі-дәрмектерді таңдау. Дәрі-дәрмектердің әсеріне ағзаның реакциясын анықтайтын генетикалық факторларды анықтау; кейбір пациенттерде мұндай әсерлер емдеуді тиімсіз етеді, ал басқаларында қауіпті аллергиялық реакциялар тудырады. 5.Аурулардың жіктелуі. Ген экспрессиясының әртүрлі суреттеріне сәйкес лейкоздың әртүрлі түрлерін анықтауға болады. Оңтайлы емдеу әдістерін таңдау үшін аурудың нақты түрін білу маңызды. 6.Дәрі-дәрмектің даму мақсатын таңдау. Белгілі бір ауыр жағдайларда транскрипцияның жоғарылаған деңгейін көрсететін ақуыздар фармакологиялық әсердің ықтимал нысаны болуы мүмкін (егер басқа мәліметтер бойынша ауыр жағдайды сақтау үшін күшейтілген транскрипция қажет болса немесе оған ықпал етсе). 7.Патогендерге төзімділік. Сезімтал және антибиотикке төзімді бактериялық штамдардағы генотиптерді немесе өрнек суреттерін салыстырмалы талдау қарсылық механизміне қатысатын ақуыздарды анықтауға мүмкіндік береді. жүктеу/скачать 44,94 Kb. Достарыңызбен бөлісу:
|