Нәруыздар мен хроматографиялық матрица арасындағы гидрофобты әрекеттесуді нәруыздарды тазарту үшін пайдалануға болады. Гидрофобты әрекеттесу хроматографиясында матрица материалы гидрофобты топтармен алмастырылған. Бұл топтарға метил, этил, пропил, октил немесе фенил топтары кіреді. Тұздың жоғары концентрациясы болғанда, нәруыздардың бетіндегі полярлы емес бүйір тізбектер гидрофобты топтармен әрекеттеседі; гидрофобты эффект ерітіндінің иондық күшінің жоғарылауымен артады. Осылайша, үлгі бағанға полярлығы өте жоғары буферде түседі. Элюант әдетте тұз концентрациясы төмендетілген, жуғыш заттар концентрациясы жоғарлаған (олар гидрофобты әрекеттесуді бұзады) немесе рН өзгертілген судағы буфер болып табылады.
