Ауыз қуысының бактериялармен алғашқы ластануы перзент туылып жатқанда туу жолдарында болады. Біріншілік микрофлора: лактобациллалар, энтеробактериялар, коринебактериялар, стафилококтар және микрококктар. Туғаннан 2-7 тәуліктен кейін бұл микрофлораға анасының ауыз қуысындағы тіршілік ететін және перзентхана бөлімшесінің қызметкерлерінің бактериялары қосыла бастайды. Нәресте өмірінің алғашқы айларында ауыз қуысынан аэробты және факультативті анаэробты бактериялар табылады. Ал қатаң анаэробтардың болмауы нәрестелерде тіс қатарының жоқтығымен байланысты, онсыз анаэробтарға тіршілік ету жағдай тумайды. Нәрестенің осы тіршілік ету кезеңінде ауыз қуысынан стрептококктарды, әсіресе S. salivarius, лактобактерияларды, нейссерияларды, гемофилдерді, ашытқы тәріздес кандида саңырауқулақтарын табуға болады, олардың саны 4-ші айлық кезінде шегіне жетеді. Ауыз қуысының шырышты қабығының қатпарлы бөлігінде бірен - саран анаэробтар (вейлонеллалар, фузобактериялар) кездесуі мүмкін.
