Қазіргі кезде ауыз қуысы қалыпты микрофлорасын құрайтын 100-ден астам микроорганизмдер түрі анықталған. Оның құрамында бактериялар,вирустар,саңырауқұлақтар және қарапайымдылар кіреді.
Ауыз қуысы микробтарының құрамында аутохонды және аллахтонды түрлері кездеседі-бұлар адамның басқа биотоптарының иммигранттары және қоршаған ортадан келген микрофлора. Аутохонды микрофлораны облигатты-яғни,үнемі ауыз қуысында болатын және уақытша-транзиторлы –деп бөледі. Соңғысының құрамына патогенді немесе шартты-патогенді бактериялар кіреді. Ауыз қуысының грам оң коктарының негізгі массасын жасы кіші вирулентті саңырауқұлақтар құрайды. Олар тістің қатты тіндері мен пародонтының зақымдануына әкеледі. Бұл топқа Str mutans , Str sanguis, Str mitis, Str salivarium. Олар бір-бірінен көмірсуларды ферменттеу және сутегі асқын тотығын түзу қасиетімен ажыратылады.
