Механистикалық философия. Ятрохимияға деген ықпалдың кемуімен натурфилософтар табиғат туралы ескі оқу-жаттығуларға қайта оралды. Бірінші жоспарда 17 ғасырда атомистикалық (корпускулярлық) көзқарас болды. Ең көрікті ғалым - корпускулярлық теорияның авторы - философ және математик Рене Декарт болды. Ол өзінің көзқарасын 1637 жылы «Әдістер туралы пайым» атты шығармасында баяндады. Декарттың жоруы бойынша, бүкіл дене «ашық аралар қалмайтындай, бір бірімен сәл дәлдікте тұтасатын, түрлі пішіндегі және өлшемдегі көптеген ұсақ бөліктерден тұрады». Декарт өзінің "кіші бөлшектерін" бөлінбейтін атомдар деп есептемеді; ол заттардың шексіз бөлінгіштігідеген көзқараста болды және қуыстың тіршілігі бар дегенді жоққа шығарды. Декарттың ең көрнекті қарсыластарының бірі франциялық физик және философ Пьер Гассенди болды. Гассендидің атомистикасы Эпикурдің ілімінің мазмұны болды. Алайда, соңғысынан өзгешелігі, Гассенди атомның Құдай арқылы пайда болатынын мойындады; бүкіл денеде болатын құрамдас және айтпас атомдардың белгілі бір санын Құдай жаратты; атомдардің арасында абсолютті қуыс болу керек. 17 ғасырдағы химияның дамуында ирландық зиялы Роберт Бойль айрықша рөл атқарды. Бойль бұрынғы философтардың элементтер аспан әлемі, оларды ақылмен тағайындауға болады деген пікірлерін қабылдамады; бұл оның Химик – скептик атты кітабының шығуына алып келді. Химиялық элементтің анықтамасына эксперименталды тіл табудың (ақыр соңында қабылданған), ол шынайы элементтің тіршілігін білмеді,олардың бірі – фосфор – бірақ оны да өзі ашпады. Бойль кіріспе еңбегін химия термині "анализбен" қосымша жазады. Өзінің тәжірибелерінде ол сапалы анализға түрлі индикаторларды қолданды және химиялық туысқандықтың ұғымын кіргізді. Бойль онымен сконструировалық әуе сорапты және ауаның майысқақтығын анықтау тәжірбиесін U-тәрізді түтік арқылы суреттеді. Осы тәжірибелердің нәтижесі бойынша қарама-қарсы пропорционалдық көлем және ауаның қысымы туралы заң белгілі болды. 1668 жылы Бойль жаңа ғана ұйымдасқан Лондондық хан қоғамның алғыр мүшесі болды, ал 1680 жылы оның президенті болды.
