Императорский герб Расплывчатость императорских указов, неспособность новых ведомств справится с потоком петиций буси вызывали недовольство среди самураев. После разгрома Ходзё освободилось много должностей как в центральных, так и провинциальных органах управления, много земельных владений также оказались свободными. Естественно, что букэ, сражавшиеся на стороне Годайго против Ходзё, ожидали вознаграждения. Однако даже не все ближайшие к императору участники событий были отмечены, в то время как придворные Годайго, например, госпожа Рэнси, монах Монкан получили большие земельные пожалования. Среди несправедливых решений Годайго получил известность случай Акамацу Норимура, который внес значительный вклад в разгром Ходзё, приведя отряд из провинции Харима. Он сначала получил пост сюго в Харима, а потом был лишен его. Вероятно, были и другие подобные случаи, но чаще всего рядовые участники войны с Ходзё просто-напросто не получали ничего.
Кроме того, многие военачальники Годайго, покончив с Ходзё, ожидали решений, отвечавших не только интересам двора, но и их собственным стремлениям. И хотя, например, Асикага Такаудзи был вознагражден более других, но и он не получил того, чего котел. Такаудзи получил младшую степень 4-го придворного ранга, провинцию Мусаси в управление, пост сюго в нескольких других провинциях, множество земельных владений, и право использовать иероглиф «така» из личного имени императора (Такахару) в его собственном. Однако на просьбу о пожаловании титула сэйи тайсёгун он получил отказ. Император пожаловал этот титул принцам Моринага и Норинага, тем самым как бы продемонстрировав концентрацию власти в руках императорского дома.
С той же целью были созданы ведомство под названием мусядокоро. К сожалению, о его деятельности известно не много. Главной задачей мусядокоро, как и в эпоху господства системы инсэй, была охрана дворца — только теперь уже не отрекшегося императора, а действующего. По сравнению с прежними временами, мусядокоро заметно выросло. Теперь оно состояло из 6-ти отрядов и фактически выполняло функции столичного полицейского управления.
Возглавлял это ведомство Нитта Ёсисада, один из главных военачальников, обеспечивших разгром Ходзё, а теперь политический соперник Асикага Такаудзи. Его род так же, как и Асикага, происходил от Сэйва Гэндзи, имел владения в провинции Кодзукэ, но в период первого бакуфу его члены не занимали таких высоких постов в аппарате Ходзё, как Асикага. Ёсисада был вознагражден Годайго младшей степенью 4-го придворного ранга, провинцией Этиго в управление, должностями заместителя управителя в провинциях Кодзукэ и Харима и начальника левой императорской стражи, а, главное, — постом главы мусядокоро. Представляется, что своей земельной политикой Годайго хотел ликвидировать систему сёэн и вернуться к старинной надельной системе. Только в этом ключе можно понять действия императора в отношении части земельных владений Дайкакудзи, его политики отторжения владений, не соответствовавших рангу и должности владельца. Этими мероприятиями он подорвал экономическую основу южной ветви императорского дома, после чего она так никогда и не была восстановлена.
В 1334 г. Годайго начал капитальный ремонт, а, фактически, строительство заново императорского дворца. В этом была объективная необходимость, поскольку дворец был разрушен несколькими пожарами, последний из которых в 1227 г. полностью уничтожил внутренние покои. Более 100 лет императоры жили или во дворцах знати или во временных дворцах (сато дайри). На реконструкцию требовался налог двух провинций — Аки и Суо, а также 5% годового дохода всех землевладельцев.