Укрепление административногоединства сёгуната Для усиления центральной власти Асикага Ёсимицу необходимо было взять под контроль всех сюго. Асикага Ёсимицу начал с подчинения самого сильного, могущественного военного дома Ямана, контролировавшего 1/6 часть страны (11 из 66 провинций). Дом Ямана, во главе с Удзикиё, имел посты сюго в 11 провинциях области Санъиндо, включая Идзуми и Кии. В 1392 г. произошли события Мэйтоку-но ран. Ёсимицу собрал армию из враждебных Ямана домов, таких как Хатакэяма, Хосокава, Оути. Произошло сражение, в котором Ямана Удзикиё был разбит и погиб. Эти события привели почти к полувековому подчинению дома Ямана центральной власти; только в 1441 г. он вновь окреп настолько, что поднял голову против бакуфу. В 1399 г. сегун переключился на следующего сильного и опасного для центральной власти сюго — Оути Ёсихиро. Ёсихиро всегда выступал на стороне сегуна: и во время воссоединения императорских дворов в 1392 г., и в военном походе на Кюсю под руководством Имагава Садаё, и во время кампании против Ямана. После победы над последним он получил посты сюго еще в 6 провинциях в дополнение к уже имевшимся Суо, Нагато, Ивами и Будзэн. Это способствовало укреплению его положения и усилению его влияния при дворе. Благодаря тому, что его владения были расположены в западной части страны, дом Оути играл важную роль в отношениях с материком — как торговых, так и политических.
В 1399 г. Оути Ёсихиро был обвинен в заговоре против бакуфу: будто бы он вместе с Канто канрэй Асикага Мицуканэ намеревался выступить против Киото. Не вполне ясно, насколько обоснованным было это обвинение. Произошли события, которые вошли в историю под названием Оэй-но ран. Между войсками сегуна и дома Оути состоялось сражение, в котором Оути Ёсихиро был убит, после чего Асикага Мицуканэ признался в том, что они готовили заговор. Однако дом Оути не был уничтожен: часть владений перешла к Морими, младшему брату Ёсихиро, который сумел сохранить власть и владения дома на западе страны.
Кроме того, путем переговоров и устрашения были «призваны к порядку» дома Нитта и Датэ на севере, Китабатакэ в Исэ и др. Таким образом, к 10-м годам XV в. 3-й сегун Асикага сумел взять под контроль практически всю страну, хотя эта власть и оказалась недолговечной.