Вооруженная борьба за столицу После краха Тадаёси южный двор разработал план нападения на Такаудзи на востоке страны и на Ёсиакира в столице. На севере Канто войско во главе с Нитта Ёсимунэ, к которому примкнули многие вассалы и сторонники Тадаёси, атаковали Камакура и вынудили Такаудзи покинуть город. До 1353 г. сражения в Канто не прекращались, тем самым отвлекая силы бакуфу от столицы.
Весной 1352 г. армия южного двора вошла в столицу. Ёсиакира опять оставил город. 3 отрекшихся императора ветви Дзимёин (Когон, Комё, Суко) и наследный принц Тадахито были отправлены во дворец Рокудзё под стражей.
Взятие столицы было блестящей победой южного двора, однако противник был очень силен. Через 20 дней Такаудзи отбил столицу, преодолев отчаянное сопротивление армии «южан».
Казалось, что после смерти Тадаёси внутри бакуфу должна наступить хотя бы временная стабильность, однако многие сторонники отвернулись от сегуна и стали поддерживать Асикага Тадафую, старшего сына Такаудзи и племянника Тадаёси, которого отец не признавал, а воспитывал дядя. Тадафую был тандай в провинции Нагато (южная оконечность Хонсю). К концу 1351 г. он контролировал также и северную часть о-ва Кюсю, а в союзе с домами Мори (провинция Аки) и Ивами (провинция Идзумо) —
всю западную часть государства. Лишившись покровительства Тадаёси, Тадафую перешел на сторону южного двора.
В 1353-1355 гг. столица 5 раз переходила из рук в руки. Только в апреле 1355 г. после тяжелых сражений Такаудзи смог окончательно в ней закрепиться. Некогда блестящая столица представляла собой тогда жалкое зрелище, город был почти полностью уничтожен пожарами.
Любопытно, что победа той или иной стороны зачастую зависела от того, какие части армий «меняли знамена». Известен пример Ямана, который из-за того, что не получил земельное владение от Такаудзи, перешел вместе со своим отрядом на сторону южного двора, что обеспечило захват столицы в 1353 г. Этот случай не был единственным, и подобные ситуации возникали в войсках на всех уровнях. Принципы японской воинской этики (бусидб — «путь воина») тогда еще не сложились, и время гражданских войн периода Намбокутё выглядело отнюдь не героически. Оно было наполнено примерами бегства полководцев, трусости, подлости и предательства. По остроумному замечанию японского исследователя Като Сюити, «сущность бусидо проявилась во время правления военной диктатуры Токугава — уже после того, как воины перестали сражаться».
После возвращения Такаудзи в столицу сопротивление сил южного двора практически прекратилось. Имели место только отдельные столкновения на Кюсю и в провинции Синано. Асикага Тадафую ушел с политической сцены и скрылся где-то на западе страны. Еще в 1354 г. умер Китабатакэ Тикафуса, верный сторонкик и продолжатель дела Годайго. Это была, вероятно, самая большая, после смерти Годайго, потеря для южного двора. Двор покинул Ёсино и переместился в провинцию Кавати, в монастырь Конгодзи.
* * *
В июне 1358 г. Асикага Такаудзи умер, и сегуном стал Ёсиакира, который в следующем году совместно с Хатакэяма выступил против южного двора. Хатакэяма во главе армии двинулся к Кавати. Южный двор переживал тяжелые времена, многие его прежние сторонники перешли на сторону сегуна. Военная кампания складывалась неблагоприятно для «южан», но по неясным причинам Ёсиакира прекратил боевые действия и вернулся в столицу. Более того, он предложил южному двору заключить соглашение.
Хатакэяма был крайне недоволен нерешительностью сегуна и вернулся со своей армией в Камакура. Вновь происходила перегруппировка сил. Никки Есинага со своим отрядом присоединился к южному двору, также поступил и Хосокава Киёдзи.
В начале 1362 г. силы южного двора двинулись к столице. Ёсиакира покинул столицу вместе с императором. В 4-й раз армия южного двора вошла в столицу и, как уже неоднократно бывало, вновь была вытеснена оттуда войсками сегуна менее, чем через 20 дней. После этих событий единственным очагом сопротивления оставался о-в Кюсю, находившийся под контролем принца Канэнага. Многие, даже самые верные, сторонники покинули южный двор. После смерти Гомураками в 1368 г. на сторону северного двора перешел Кусуноки Масанори. Новым императором ветви Дайкакудзи стал Тёкэй.