Завершения объединения страны Покорение юга страны Весной 1585 г. Тоётоми Хидэёси начал подготовку к военному походу на о-в Сикоку. Там богатый даймё Тёсокабэ Мототика фактически полностью контролировал все четыре провинции острова. Дом Тёсокабэ имел свой семейный законодательный кодекс (кахо), охватывавший все стороны политической, экономической и социальной жизни островного сообщества.
В июне 1585 г. почти 100-тысячная армия Тоётоми Хидэёси, с участием войск Мори Тэрумото, недавнего противника, осуществила высадку на Сикоку. Дом Тёсокабэ капитулировал. Впоследствии наследник Тёсокабэ Мототика стал верным вассалом семейства Тоётоми Хидэёси и погиб вместе с членами семьи Хидэёри (сына Хидэёси) во время штурма Осакского замка войсками Токугава Иэясу.
После длительной подготовки в марте 1587 г. Хидэёси начал поход, целью которого было покорение Кюсю. После нескольких сражений мощный феодальный дом Симадзу, влияние которого было сильно на всем Кюсю и на юге Хонсю, признал себя побежденным. Хидэёси не проявил милосердия: он приказал убить всех лиц мужского пола из дома Симадзу, включая маленьких детей
Военная кампания на Кюсю продолжалась недолго — всего около двух месяцев. Свою роль в этом сыграло не только объединение под началом Тоётоми Хидэёси войск из разных регионов страны, но широкая финансовая помощь торгово-коммерческих
кругов городов Сакаи и Хаката. Хаката, сильно пострадавший от военных действий на острове, даже получил за это от Хидэёси значительные привилегии — купцам из этого города предоставлялась полная свобода коммерческой деятельности не только во внутренних районах страны, но и право независимого ведения внешней торговли.
Меры против христиан Военная кампания на Кюсю обнажила и поставила перед Хидэёси новую проблему — рост иностранного влияния и расширение миссионерской деятельности на японской земле.
Как и Ода Нобунага, Тоётоми Хидэёси длительное время относился к пребыванию европейцев в Японии чисто утилитарно, используя их для получения огнестрельного оружия из Европы. Он встречался с европейцами, вел беседы, даже устраивал диспуты между буддийскими и христианскими монахами. В его окружении было немало принявших христианство. Полководец Кониси Юкинага, возглавлявший армию во время корейского похода, также был христианином.
Однако, прибыв на Кюсю, Тоётоми Хидэёси увидел, что эта часть Японии была в значительной степени христианизирована. Он столкнулся с чрезвычайной активностью миссионеров, поддержанную многими феодальными домами, заинтересованными в расширении торговли и получении огромных прибылей. Но больше всего Хидэёси был недоволен тем, что христиане притесняли и преследовали синтоистских священников, разрушали святилища, буддийские храмы и насильственно навязывали свою веру. Хидэёси обнаружил такую сторону их деятельности, как работорговля — японцев продавали в рабство в Португальскую Индию и другие страны. Налицо было попрание законов и традиционных норм жизни японцев — такое же, как и многих других народов, ставших жертвами колониальной политики европейцев.
18 и 19 июня 1587 г. Хидэёси издал два указа, направленных на то, чтобы изменить ситуацию. Один из них запрещал даймё, размер владений которых превышал 200 те, принимать христианскую веру. Второй указ под страхом смертной казни предписывал миссионерам прекратить их деятельность и покинуть страну в течение 20 дней. Вместе с тем, указ не запрещал европейцам продолжать коммерческую деятельность в Японии при условии, что они будут торговать напрямую, а не через посредников, в качестве которых, как правило, выступали местные даймё. Таким образом, эти указы Тоётоми Хидэёси еще не означали начала политики сакоку (закрытия страны), которую в дальнейшем стал проводить сёгунат Токугава. Скорее, они были направлены на подрыв основанной на торговле с европейцами экономической мощи даймё южных провинций, которая могла составить основу их политической независимости.
Занятый в последние годы жизни корейским походом и подготовкой завоевания Филиппин Хидэёси больше не возвращался к рестрикциям первых антихристианских указов. Политика сакоку в самом широком и полном развитии (в отношении иностранцев и самих японцев) была детищем сегунов династии Токугава.