Обострение внутрнполитических противоречий Главным соперником Сацума было княжество Тёсю, которое также предприняло неудачную попытку укрепиться при дворе. В условиях общего снижения накала борьбы сторонников движения сонно дзёи двор и сегун при поддержке князя Сацума в августе 1864 г. решили «покарать» Тёсю.
Сайго Такамори полагал, что для усмирения Тёсю лучше всего использоватъ политические противоречия внутри самого княжества. Перипетии происходившей там борьбы можно проследить по судьбе двух выдающихся деятелей эпохи Мэйдзи — Иноуэ Каору, выходца из среды самураев, и Ито Хиробуми, выходца из крестьян, но позже получившего статус самурая.
Оба они были образованными людьми, знакомыми с европейскими достижениями в военной сфере. В начале 60-х годов они были приверженцами движения за «изгнание варваров» и даже принимали участие в поджоге британской миссии в Эдо в 1863 г. Уехав тайно в Англию для изучения военного искусства (с дальним прицелом использовать его затем против иностранцев), они ыстро изменили свое мнение и вернулись в страну в связи с событиями в родном княжестве с тем, чтобы убедить своих сторонников в бесплодности попыток остановить вхождение страны в мировое сообщество.
Однако в княжестве их новые взгляды не нашли понимания, и они были вынуждены скрываться (на Иноуэ было совершено покушение), но в 1865 г. они вновь вернулись к активной деятельности. В ходе напряженной и упорной борьбы выковывался их характер, который помог им стать в последующие годы в ряды творцов новой Японии. Получив санкцию императора, сегун провел успешную операцию против Тёсю.
Тёсю в то время было центром антииностранного движения в стране, и в этом его исключительно активно поддерживал император Комэй. Такая политика нередко приводила к открытой конфронтации с Западом, сопровождавшейся убийствами иностранцев и их ответными мерами. Англия, например, настаивала на наказании убийц английского купца Ричардсона (за то, что тот отказался выразить почтение князю Симадзу) и получении денежной компенсации, угрожая в случае отказа бомбить Эдо. Под угрозой вторжения английского и французского флотов бакуфу внесло требуемую сумму, исключая ту часть, выплата которой была возложена на княжество Сацума, где и произошел инцидент.
В соответствии с указом императора об «изгнании варваров» и закрытии портов (1862) войска княжества Тёсю обстреляли в порту Симоносэки иностранные суда, В ответ на это американцы, в свою очередь обстреляли Симоносэки и потопили 2 японских судна. Бакуфу, опасаясь расширения военных действий, отказалось от намерения закрыть порты. Тем не менее в августе английские корабли бомбардировали г. Кагосима — столицу княжества Сацума. Получив в конце концов требуемую компенсацию от князя Симадзу, Англия начала поставлять ему оружие.
Сегун подвергался атакам со всех сторон. На него оказывали давление как приверженцы сонно дзёи, так и западные державы, требовавшие еще шире открыть ворота страны. Кроме того ему приходилось иметь дело с императорским двором и периодически направлять войска против мятежных юго-западных княжеств, отношения с которыми особенно обострились в 1865-1866 гг. События развивались с переменным успехом для всех сторон.
Военная мощь иностранных держав, в первую очередь Англии, убедили княжества в необходимости сотрудничества как между собой, так и с иностранцами. И Сацума, и Тёсю начали закупать в большом количестве вооружение у англичан, которые ранее ориентировались на бакуфу, а теперь переключили свое внимание на антисегунскую коалицию. Теперь уже сегун стал склоняться к лозунгу дзёй, а княжества развивали контакты с иностранцами, надеясь получить от них помощь в борьбе против бакуфу. На ситуации как в стране в целом, так и в каждом отдельном княжестве сказывалось влияние развивавшейся внешней торговли. Сегун, который постоянно был вынужден идти на уступки иностранцам для сохранения сотрудничества с ними, тем не менее выступал за ее ограничение, чтобы не допустить обогащения феодалов наиболее развитых и независимых южных княжеств. Затягивая открытие новых портов, которое следовало осуществить в соответствии с заключенными договорами, бакуфу тем самым старалось выбить почву из-под ног сепаратистов.