Амин қышқылдарының жіктелуі Амин қышқылдары құрылысы бойынша үш топқа бөлінеді: 1. Ациклді;
2. Карбоциклді;
3. Гетероциклді.
Ациклді амин қышқылдары карбоксил – СООНжәне амин −NH2 топтарының санына қарай бөлінеді:
1. Моноаминкарбон қышқылдары: аланин СН3СН(NH2)СООН – барлық ақуыздар құрамына кіреді.
2. Моноаминдикарбон қышқылдары: аспарагин қышқылы НООССН2СН(NH2)СООН – аминянтар қышқылы, ақуыз гидролизі нәтижесінде түзіледі. Табиғатта аспарагин қышқылының амиді кездеседі –
NH2СОСН2СН(NH2)СООН.
3. Диаминмонокарбон қышқылдары: Н2N(СН2)4СН(NH2)СООН – лизин, кейбір балық уылдырығының құрамында кездеседі, күшті негіз, ауыстырылмайтын амин қышқылдарына жатады. Оны синтетикалық жолмен капролактамнан және биохимиялық әдіспен алады.
Изомерия Амин қышқылдарының изомериясы функционалды топ орнына және көміртегі скелеті құрылысына байланысты болады.