Шартты рефлекстердің шартсыз рефлекстерден айырмашылығы 1) Шартсыз рефлекстер туа пайда болған, тұқым қуалайды және тұрақты болады. Ал шартты рефлекстер жеке ағзаның тіршілік етуі барысында пайда болады, тұқым қуаламайды және онша тұрақты емес.
2) Кез келген шартсыз рефлекс, егер орталық жүйке жүйесі тиісті даму дәрежесіне жетсе, белгілі тітіркендіргішті 1-рет және бір-ақ рет қолданғанның өзінде-ақ пайда болады. Жаңа туған баланың аузына тамақ түссе, рефлекторлық жолмен сілекей ағады. Ал шартты рефлекстер бірден пайда болмайды, олар белгілі жағдайларға байланысты, біртіндеп жасалады.
3) Шартсыз рефлекстің дайын рефлекторлық доғасы бар, ал шартты рефлекстер болу үшін шартты байланыс деп аталатын, ми қыртысында жаңа байланыс орнауы қажет. Сөйтіп, бұрын болмаған жаңа рефлекторлық доға тұйықталуы қажет.
4) Шартсыз рефлекс доғасын рецептор, кондуктор (қозу өткізетін – сезгіш, қозғағыш, аралық нейрондар жүйесі) және эффектор құрайды. Ал шартты рефлекстердің доғасының 1-ші бөлігі — анализатор (тітіркендіру әсерін қабылдап, одан сапалы түйсік тудырады); 2-сі – тұйықтағыш (замыкатель) – өзгергіш келеді, анализатор жасушаларын эффекторды жабдықтайтын қозғағыш жүйке жасушаларымен байланыстыратын жүйке жолы; 3-сі – эффектор.
5) Шартсыз рефлекстерді түрлік деп, яғни бір түрдің барлық өкілдеріне тән деп қарау керек. Ал шартты рефлекстер тіршілік ету барысында пайда болған. Дегенмен, сыртқы ортаның ұзақ уақыт өзгермейтін факторлары бар жағдайда, кейбір жеке тұрақты шартты рефлекстер (көбінесе атадан атаға қайталайтын, тірішлік етуінің жас кезінде пайда болатын рефлекстер), біртіндеп тұқым қуалауға да, яғни шарттыдан шартсызға айналуы да мүмкін. Бұған мысал етіп құстардың жаңа ғана жұмыртқадан шыққан балапандарының олардың ұясының дірілдеп қозғалуының әсерінен ауыздарын ашуын ала аламыз.
6) Шартты рефлекс мидың жоғарғы бөлімдерімен байланысты, ал шартсыз рефлекстердің доғасы мидың түрлі төменгі бөлімдері арқылы да өте алады. Жоғары сатыда ұйымдасқан, үлкен жарты шарлар қыртысы бар жануарларда шартты рефлекстер жасалу үшін мидың осы бөлімінің болуы міндетті. Мысалы: иттердің ми қыртысын алып тастаса, оның шартты рефлекстік әрекеті толығымен тоқтайды.
Ми қызметінің жан-жақтылығына шартты рефлекстің маңызы зор. Ми қыртыс іші, қыртыс-қыртысасты байланыстары арқылы жүйке орталықтары бір-бірімен қарым-қатынасқа түседі. Бұл жайлы А.А.Ухтоминский өз көзқарасын тұжырымдаған: ОЖЖ-нің әр бөлігінің жүйке элементтері бірігіп, белгілі бір жағдайды шешу үшін бір уақытта қызмет жасауға жұмылдырылады. Оны доминанттық қозу ошағы деп атайды. П.К.Анохиннің концепциясы бойынша: әр уақытта рецепторлар, мидың жүйке элементтері, атқарушы мүшелер бірігіп күрделі функционалдық жүйе құрады.