Қарахан мемлекетінің негізі үлесті жүйеде қаланып, билік екі тайпалық топ – жігіл және яғма ақсүйектері арасында бөлініп, Шығыс және Батыс деген екі иеліктен (хандықтан) тұрды. Оны өз қағандары басқарды.
Шығыс хандық Жетісу аймағы мен Шығыс Түркістан жерін алып жатты. Орталығы Баласағұн қаласына жақын жатқан Орда (оны Қара Орда немесе күз Орда деп те атаған), кейін Қашғар каласы болды.
Батыс хандық Мауренахрды биледі. Орталығы алғаш Бұхара, кейін Самарқан қаласы болды. Қарахан мемлекетінде биліктің қосарлы немесе тең құқықты жүйесі қалыптасты.
Шығыс хандық Қарахан мемлекетінің негізгі бөлігі болып саналған. Сондықтан оның ханы дəстүр бойынша жоғарғы Ұлы қаған болып есептелген. Бірақ екі хандықтың арасында онша бірлік болмай, олар жиі жеке-жеке бөлініп кетіп отырған.
Қарахан әулетінің шығу тегі Қашғарияда өмір сүрген қарлұқтармен байланысты. Жазба деректерге қарағанда Қарахан мемлекетінің құрылуы мен даму тарихында басты рөлді Қарлұқ конфедерациясының тайпалары атқарды.
940 жылы Қашғарияның қарлұқ тайпалары Баласағұнды басып алып, Сатұқ Боғра хан басқарған жаңа әулеттің негізін қалады. Осылайша тарихта Қарахан мемлекеті аталған жаңа Түркі империясы құрылды.
Болжам бойынша Қарахан әулеті атауы осы билеуші ұрпақтың арғы атасы Қараханнан шыққан.
X ғасырдың соғына қарай қағанаттың жер аумағы қалыптасты. Қарахан мемлекеті мен Қыпшақ хандығы арасындағы солтүстік шегара Балқаш және Алакөл көлдерінің бойымен өтті.
Қарахандықтар иеліктері батысында Мауренахрды (Әмудария мен Сырдария аралығы), Жетісу жерін және шығысында Қашғарды қамтыды.
Қарахан мемлекетінде жер иеленудің иқталық жүйесі орнықты. Қағандар өз маңайындағыларға қазметтері үшін жер үлестерін бөліп берді.
Қызметтері үшін алған жер үлестері иқта, ал иқтаны ұстаушылар иқтадар деп аталды.
Иқта және иқталық жүйе Жетісу мен Оңтүстік Қазақстан өмірінде маңызды рөл атқарды. Феодалдық қатынастардың дамуына ықпал етті.
Иқталық жүйе жаңа ақсүйек қауымын қалыптастырды.
Сатұқ Боғра ханның мұрагері Мұса 960 жылы исламды мемлекеттік дін деп жариялады.
1141 жылы Жетісудың негізгі аумағындағы саяси билік қарақытайлар қолына өтіп, олар қарахандық билеушілерді өздеріне тәуелді етті.