3. Шоқан – фольклорист, әдебиет зерттеушiсi. Ш.Уәлихановтың шетелдік Шығыс туралы еңбектері мен зерттеулері — бір төбе. Шығыс «Түркістан мен Шынжан халқының тарихы туралы еңбектері оның ғалымдық даңқын дүниежүзіне таратты. Ол «Алты шаһардың немесе Қытайдың Нан-Лу провинциясының (Кіші Бұхараның) жайы» атты іргелі еңбегінде және Қашғарияға сапар күнделіктерінде осы аймақтың жан-жақты — географиялық, әлеуметтік, экономикалық, тарихи, мәдени, әдеби сипаттамасын берді. Қазақ ғалымының еқбектерінде комплексті зерттеулердің үлгілері де бар. Көптеген еңбектерінде ол тарихшы, географ, этнограф, публицист, әдебиетші, жазушы болып көрінеді және көбіне қатар жүреді.
Ш.Уәлиханов — қазақ және қырғыз халықтарының бай әдебиет қорын тұңғыш зерттеуші. Қазақ көркем сөз өнерінің кейбір үлгілерін ол жас кезінде-ақ білген, оған деген ықылас-қызығуы кадет корпусында оқыған жылдары мен қызметтері кезінде арта түскен де, 1850 жылдардың орта шенінен өмірінің соңғы сәттеріне дейін зерттеумен шұғылданған. Шоқанның, халықтардың әдеби мұраларының үлгілері туралы ой-тұжырымдары бүкіл ғылыми зерттеулерінде, еңбектерінде қазақ және қырғыз әдебиеттері туралы арнайы тоқталды. Әдеби зерттеулерін үшке топтап қарастыруға болады. Ауыз әдебиетіне байланыстылары мыналар: «Қазақтың халық поэзиясының үлгілері туралы», «Орта жүз қазақтарының аңыз-ертегілері», «ХҮІІІ ғасырдың батырлары туралы тарихи аңыздар», «Едіге мен Тоқтамыс туралы аңыз», «Едіге», «Шона батыр», «Ер Көкше», «Ер Қосай», «Өлі мен тірінің достастығы», «Манас» жырын тұңғыш зерттеуі және оның «Көкетай ханның асы» деген үлкен бір бөлімін орысшаға аударуы т. б.
Әдебиет теориясына байланысты: «Қазақтың халық поэзиясының үлгілері туралы» еңбегінде халық поэзиясының түрлері туралы тұңғыш рет теориялық ой-пікір білдіреді.
Шоқан қазақ өлеңдерін: жыр, жоқтау, қара өлең, өлең, қайым өлең деп бөледі. «Жоіңғария очерктері» мен «Қырғыздар туралы» жазбаларында да қазақ әдебиетіне қатысты көптеген ойлары бар. Сюжет ауысу, ұқсас сюжеттер туралы да ойлар жазған.
Әдебиет тарихына қатысты еңбектері: «Бұқардың Абылайды жоқтауы», «Абылай туралы жырлар», Шоқаннан қалған мұраның енді бір алуаны — бейнелеу өнері саласындағы еңбектері оның қазақтың тұңғыш профессионал суретшісі екенін танытады. Шоқан негізінен портрет, пейзаж және халықтың тұрмыс-салтын бейнелеу жанрымен айналысқан. Оның суреттерінің біразы 1860 жылдардың басында "Всемирная иллюстрация", "Искра", "Русский художественный лист» журналдарында және Орыс География қоғамының «Хабаршысында» жарияланған. Оның көп салалы, әр қырлы бай мұрасы оның дүниетанымы, қоғамдық, философиялық, ағартушылық, демократтық көзқарастары биік деңгейде болғанын танытады. Ол революцияшыл-демократтық көзқарас, тұжырым-түйіндер жасау биігіне көтеріле алмағанымен, көптеген қоғамдық құбылыс-көріністерді озық ой-таным тұрғысынан талдады, ағартушылық-демократтық көзқарастар қалыптастырды. Заманында дүниежүзілік ғылымға елеулі үлес қосқан Ш. Уәлихановтың әр салалы, терең мазмұнды еңбектері, өзінің асыл тұлғасы мен жарқын бейнесі тарихтың әр кезеңінде жоғары бағаланды. Ол туралы замандастары жан тебірентерлік жылы лебіздер қалдырды. Шығысты зерттеуші әйгілі ғалым Е.И. Ковалевский Шоқанды «Асқан данышпан жас жігіт», «тамаша ғалым», «қазақ халқының ең жақын досы әрі орыстың мемлекеттік мүддесін қадір тұтушы» деп атады. «Шоқан қазақ ішінен оқырман қауымын тапқан болса, ол өз халқынық шын мәнісіндегі асқан данышпаны болар еді» — дейді Г. Н. Потанин. «Шоқан Шыңғысұлы Уәлиханов Шығыс тану әлемінің аспанынан құйрықты жұлдыздай жарқ етіп өте шықты. Орыс ориенталистері бірауыздан оны таңғажайып құбылыс деп қарады, одан түркі халықтарының тағдыры туралы аса маңызды ұлы жаңалықтар ашады деп үміт күтіп еді» — деп жазды аты әйгілі шығыстанушы ғалым Н. И. Веселовский. Оның редакциясымен Ш. Ш. Уәлиханов шығармаларының жинағы Петербургте 1904 жылы жарық көрген еді. Шоқанды көрген, оны жақсы білген ғалымдардың жылы лебіздері оның еңбегін ғылым әлемі әділ де жоғары бағалағандығы болып қала бермек. Ш.Уәлихановтың жарқын есімі Көкшетау облысындағы бір ауданға, ауылдарға, Қазақстан Республикасы Ұлттық Ғылым академиясының тарих, археология және этнография институтына берілді. 1958 жылы Ш. Ш.Уәлихановтың Алтынемелдегі қабірі басына, бұрын қойылған мәрмәр тас қабырғасына өріліп жымдасқан биік обелиск орнатылды.
Шоқан Уәлиханов мол ғылым мұрасының ең негізгі бір саласы – оның әдеби – зерттеу еңбектері. Қоғамдық ғылымдардың басқа салаларымен қатар Шоқан әдебиет пен тіл туралы да алғаш байсалды зерттеу жүргізіп, ой – тұжырымдар атқан.
Шоқанның ауыз әдебиеті нұсқаларына назар аударуы ертерек, ауылда да, кадет корпусында оқып жүрген кезде де басталғанымен, сөз өнерін зерттеуші ретінде қалыптасуы - өткен ғасырдың елуінші жылдарының екінші жартыцсы мен алпысыншы жылдардың бас кезі. Ол «Біздің халқымыздың көркемдігі жағынан қалыспайтын өскелең әдебиеті бар... «Көшпелі елдердің қай – қайсысының болсын бір ерекшелігі - олар поэзияға бейім, табан астында қиыстырып айтқыш, өлең жырға бай, шебер келеді.
Түркі тұқымдас халықтардың ішінде ақындығы жағынан жүйрігі, сірә қазақ халқы болар.
Тарихи жағынан алып қарағанда қазақ халқының рухы тамаша, неге десеңіз: біріншіден, ерлердің ісін ардақтаған ежелгі жырлардың бәрі де бізге түгелдей өзгеріссіз жетіп отыр: екіншіден, әр дәуірде өмір сүрген импровизаторлар өз кезеңінің елеулі оқиғаларын әсем бейнелеп, мәңгілік мұра етіп қалдырып отыр: сол жырлардың өзі тұтас салт – дәстүр, мақал – мәтелдермен бірігіп, халықтың тарихи, рухани өмірінің өткені жайында маңызды деректер береді.
Қазақтардың ежелгі жырлары, ескі аңыздары сол күйінде өзгеріссіз сақтауы таңқаларлық, ал сол жырлардың осыншама жалпақ, шалғай даланың барлық түкпірінде бірдей, бір кітаптың көшірмесіндей сөзбе – сөз жырлануы тіпті ғажап! Осыншама керемет дәлдікке сенер – сенбесіңді де білмейсің, бірақ бұл күмәні жоқ әрі мүлтіксіз шындық.
Үлкен дарын иесінің «Қазақ халық поэзиясының түрлері» атты еңбегі, шамасы, ілгері зерттеу болса керек. Соңғы сөйлемдері аяқталмаған. Бізге жеткен нұсқасының өзінде қыруар материалдар эпостық жырлар, олардың тарихи негіздері, қазақтың өлең түрлері мен құрылысы, буын өлшемдері, силлабикалық сипаты, көптеген ақындар туралы тұжырымдар мен түйіндер айтылған. Ш.Уәлихановтың бұл еңбегі де - қазақ әдебиетінің тарихы мен теориясы туралы тұңғыш зерттеулерінің бірі.