Мұхамеджан студент кезінен-ақ қоғамдық-саяси өмірге белсене араласып, баспасөз беттерінде орталық билікті сынайтын мақалалар жазып, патша өкіметінің саясатына қарсы үгіт-насихат жүргізді. Жазғы демалыста елге қайтқанда жер дауына, басқа да тартысты мәселелерге назар аударып, орыс әкімшілігінің зорлық-зомбылығына қатысты материалдарды жинап, Мемлекеттік Дума жанындағы мұсылман фракциясының мүшесі Әлихан Бөкейханов секілді азаматтарға тапсырып отырды.
Мұхамеджан Тынышбаев сол кезде революциялық қозғалыстарға белсенді түрде қатысып жүрген журналист В.Жаботинскиймен бірігіп «автономияшыл-федералшылдардың одағын» құрды. 1905 жылы қарашада өткен автономияшылар одағы ұйымының съезінде жасаған баяндамасында «Жер мәселесі қазақтар үшін сөзсіз маңызды. Үкіметтің нені көздеп отырғаны айтпаса да түсінікті. Біріншіден, қазақтарды дербес ұлт ретінде жою және бүкіл өлкені орыстандыру. Екіншіден, қазақтарды қауқарсыз тобырға айналдыру болса, үшіншіден, ежелгі атақонысынан айыру. Қандай қанқұйлы, зымиян мақсат?!» деп өткір сөйледі.
