Қолайлы температура сутегі синтезінің оңтайлы метаболикалық жолдарын, сондай-ақ сутегі тұтыну процестерін тежейтін негізгі параметр болып табылады. Анаэробты процестерге температура қатты әсер етеді және биологиялық сутегі өндірісі үшін қолайлы және қолайсыз температура туралы айтарлықтай келіспеушіліктер бар. РН әсеріне ұқсас, температура ферментативті реакциялар арқылы метаболизмді де басқарады. Әрбір ферменттің жоғары белсенділік байқалатын оңтайлы температуралық диапазоны бар[69].
Миннан және т.б. культураның 25 ° C-тан 35 ° C-қа дейінгі әртүрлі температурада сутегі өндіру қабілетін зерттеді және олар сутегі өндірісінің белсенділігін жақсартты.