Подготовка исходного штамма к селекции Штамм микроорганизма, способный продуцировать даже небольшое количество того или иного метаболита и отобранный для селекции вовлекается в дальнейшую работу по изучению его естественной изменчивости по морфологическим и количественным признакам. Это длительная процедура, включающая много этапов.
Исходный штамм рассевают на чашки Петри и отбирают несколько сотен клонов, имеющих типичную для данной культуры морфологию и варианты с некоторыми морфологическими отклонениями.
Производят нескольких пассажей для подтверждения того, что эти варианты сохраняют свои морфологические особенности.
Оценивают уровень продукции интересующего метаболита у вариантов с типичной для данной культуры морфологией и с некоторыми морфологическими отклонениями. Такая оценка дает возможность выявить корреляцию между особенностями морфологии клонов и уровнем продукции метаболита.
Несколько клонов с наиболее высоким уровнем продукции по отношению к уровню контроля (которым служит исходная не рассевавшаяся культура) отбирают и проверяют на продукцию в нескольких повторах, а затем отбирают один клон, имеющий устойчиво высокий уровень продукции.
Такая длительная процедура называется «чисткой исходной культуры» и приводит к отбору клона с заметно повышенной продукцией, а иногда и с морфологическими отклонениями.
Отобранный клон снова рассевают и оценивают его уровень продукции путем анализа не менее 100 типичных клонов. Значения уровней продукции таких субклонов выражают в % по отношению к продукции исходного (родительского) и располагают в вариационном ряду 1, вычисляя для них статичтические показатели:
среднее арифметическое (Х);
квадратическое отклонение ();
коэффициент изменчивости (сv= . 100).
Субклоны, попавшие в крайнюю правую (максимальная продукция) часть этого ряда отбирают и опять оценивают по уровню продукции. При этом отбирается только один из них.
Этот субклон опять рассеивают и, проверив, не менее 100 высеянных клонов, строят вариационный ряд 2, вычисляя его показатели.
Сравнивают показатели коэффициента изменчивости двух вариационных рядов. Если эти значения существенно не отличаются, то подготовку исходного для селекции штамма заканчивают, отбирая субклоны из 1-го вариационного ряда. А 2-ой ряд (собственный ряд этого субклона) считают контрольным. Если при сравнении коэффициентов изменчивости у 2-го ряда наблюдается его уменьшение, то целесообразно провести еще один этап клонирования, выбрав из правой части 2-го ряда “лучший клон”. Построить на его основе 3-й вариационный ряд и определить его коэффициент. Если значения коэффициентов изменчивости 2-го и 3-го рядов не отличаются, то клонирование прекращают, а если опять наблюдаются отличия, то продолжают процедуру.
Цель ступенчатого клонирования – «стабилизировать» исходную культуру по количественному признаку, получив на основе действия стабилизирующего отбора наиболее однородную по данному признаку популяцию. Эта популяция будет служить надежным контролем индуцируемой мутагенами изменчивости при последующем отборе мутантов.
Однако однородность отобранной культуры снижается при многократном пассировании и длительном хранении. Поэтому отобранную контрольную культуру необходимо поддерживать периодическим клонированием. Повысить уровень продукции таким клонированием, т.е. отобрать мутант практически невозможно.
В том случае, когда исходная культура не продуцирует требуемого вещества, выбирают из ее рассева клон, который по таксономической характеристике полностью соответствует данному виду микроорганизма и использовать этот клон для дальнейшей работы.