Шестая реакция катализируется ферментом сукцинаттиокиназа (сукцинил-КоА-синтетазой). В ходе этой реакции сукцинил-КоА при участии ГДФ и неорганического фосфата превращается в янтарную кислоту (сукцинат). Одновременно происходит образование высокоэргической фосфатной связи ГТФ за счет высокоэргической тиоэфирной связи сукцинил-КоА. Таким образом, энергия расщепления сукцинил-КоА накапливается в гуанозинтрифосфате. Образовавшийся ГТФ отдает затем свою концевую фосфатную группу на АДФ, вследствие чего образуется АТФ. Образование высокоэргического нуклеозидтрифосфата в ходе сукцинаттиокиназной реакции - еще один пример фосфорилирования на уровне субстрата (субстратное фосфорилирование).
.
Реакция является обратимой с ΔG0' = -0.7 ккал/моль.
ГТФ, образуемый в процессе реакции, превращается в АТФ с помощью нуклеозиддифосфаткиназы (реакция перефосфорилирования):
7 реакция, катализируемая сукцинатдегидрогеназой (СДГ), является третьей окислительно-восстановительной реакцией ЦТК и сопровождается образованием ФПН2, коферментом является ФАД, в состав которого входит витамин В2 - рибофлавин. Это единственный этап ЦТК, где восстанавливается ФПН2.
Сукцинатдегидрогеназа обладает свойствами аллостерического фермента. Она активируется фосфатом, сукцинатом. Конкурентно ингибируется оксалоацетатом – последней дикарбоновой кислотой ЦТК, накопление которой выше уровня тормозит сукцинатдегидрогеназную реакцию. Также конкурентным ингибитором этого фермента является малонат (НООС—СН2—СООН). Фермент содержит ФАД и железо-серный (Fe:S) белок. Таким образом, сукцинатдегидрогеназа — флавопротеин-железо-сульфидный комплекс, который тесно связан с электронно-транспортной цепью. Фермент погружен во внутреннюю часть митохондриальной мембраны, и не входит в митохондриальный матрикс.
8 реакция. Фумаратгидратаза (фумараза) катализирует обратимую гидратацию фумарата с образованием L-малата (яблочная кислота). Фумараза обладает стереохимической субстратной специфичностью, так как катализирует превращение фумаровой кислоты (транс-изомера), но не действует на малеиновую кислоту (цис-изомер).
9 реакция. Заключительный этап ЦТК катализируется малатдегидрогеназой и является четвертой окислительно-восстановительной реакцией, при этом образуется третья молекула НАДН2 и оксалоацетат (щавелево-уксусная кислота).
Изменение стандартной свободной энергии G' для данной реакции составляет +7,1 ккал/мол, т.е. является эндергической. Однако реакция сдвинута вправо в связи с быстрым расходованием продуктов реакции — оксалоацетата и НАДН2.
Оксалоацетат (ЩУК) фактически является катализатором ЦТК, так как процесс ЦТК начался с конденсации ацетил-КоА и ЩУК. Поскольку количество оксалацетата, необходимое для превращения большого числа ацетил-КоА в СО2, весьма невелико, можно считать, что оксалоацетат выполняет каталитическую роль.
Следовательно, с образованием вновь молекулы оксалоацетата цикл замыкается и по существу идет окисление ацетильных остатков, постоянно вносимых в лимоннокислый цикл в виде ацетил-КоА.