1 пункт. Окисляемым веществом служат органические кислоты, являющиеся промежуточными продуктами различных видов обмена, в основном органические кислоты ЦТК. Органическая кислота окисляется путем дегидрирования под влиянием соответствующей дегидрогеназы. Для большинства субстратов (пируват, изоцитрат, α-кетоглутарат, малат, глутамат) дегидрогеназами, окисляющими непосредственно субстрат, являются пиридинферменты . Исключением являются такие субстраты, как сукцинат, α-глицерофосфат, которые окисляются флавинферментами. Субстрат, теряя водороды, окисляется, а ПФ восстанавливается (его кофермент НАД переходит в НАДН2). НАДН2 теряет связь с апоферментом и отделяется от него.
Количество энергии, выделяемой на этом этапе, невелико.
2 пункт. НАДН2 окисляется флавопротеидами. Теряя водороды НАДН2 окисляется, а флавопротеиды, присоединяя водороды, восстанавливаются. На данном этапе происходит выделение 46 кДж энергии. Для образования макроэргической связи необходимо 33 кДж, поэтому на этом этапе биологического окисления происходит синтез одной молекулы АТФ и выделяется некоторое количество тепла.
4 пункт. По мере удаления от начала цепи связь между протоном и электроном в атоме водорода ослабляется, так как на каждом этапе окислительно-восстановительных реакций электрон отдает часть энергии. На уровне KoQH2 связь между протоном и электроном в атоме водорода окончательно ослабляется и происходит разрыв связи между протоном и электроном: 2Н → 2Н+ + 2е-. Протоны остаются в растворе, а электроны передаются на кислород через систему цитохромов.
5 пункт. Выделившиеся электроны присоединяются к двум молекулам ферриЦх b (Fe3+), которые восстанавливаются в ферроформу
[2 цхb (Fe2+)], где железо двухвалентное.
В пунктах 3, 4, 5 происходит выделение небольших количеств энергии, недостаточных для образования макроэргической связи и поэтому на данных этапах энергия рассеивается в виде тепла.