Сабақ тақырыбы: «Кладограммалар мен филогенетикалық ағаштардың айырмашылығы. Кладограммалар мен филогенетикалық ағаштардың эволюциялық маңызы»

Филогенетикалық ағаш не үшін керек?

• Биологиялық міндеттер:
• үш немесе одан да көп объектілерді салыстыру
• (кімге ұқсас...)
• эволюцияны қайта құру
• (кімнен, қалай және қашан пайда болды...)

Нақты оқиғалар: Деректер: Салынған ағаш:

• 20.02.23

• >Seq4 GCGCTGFKI
• . . . . .

• >Seq1 ASGCTAFKL
• . . .

• >Seq3 GCGCTLFKI

• ACGCTAFKI

• GCGCTAFKI

• ACGCTAFKL

• A -> G

• I -> L

• табиғаттағы немесе зертханадағы эволюция, компьютерлік модельдеу

• деректер негізінде есептелген ағаш графигі нақты оқиғаларды көрсетуі немесе көрсетпеуі мүмкін

• мысалы, Сета тізбегі немесе саны

• Түйін (узел, node) - ата-бабалар тізбегін (түр, популяция) тәуелсіз дамитын екіге бөлу нүктесі.
• Эволюцияны бейнелейтін графиктің ішкі шыңына сәйкес келеді.
• Жапырақ (лист, leaf) - нақты (заманауи) объект; графтың сыртқы шыңы. Əр жапырақ бір тірі ағзаның түрін көрсетеді.
• Бұтақ (ветвь , branch)— түйіндер арасындағы немесе түйін мен парақтың арасындағы байланыс; графиктің шеті.

• Негізгі терминдер

• Тамыр (корень, root) - тамыр бүкіл түрлердің ата тегін бейнелейді.
• Клада (clade) - екі немесе одан да көп таксалар немесе ДНҚ тізбегі тобы, оның жалпы ата-бабасы да, оның барлық ұрпақтары да бар.

• Ағаштар қандай болады?

• Тамырланған ағаш (rooted tree) эволюция бағытын көрсетеді

• Ашылмаған (тамырланбаған) ағаш (unrooted tree) көрсетеді тек түйіндер арасындағы байланыс

• Егер жапырақтардың саны n болса, онда бар (2n-3)!!әр түрлі екілік тамырланған ағаштар.Анықтама бойынша (2n-3)!! = 1·3 ·... ·(2n-3)

• Бар (2n-5)!! n жапырақтары бар әртүрлі ағашсыз ағаштар