Тамырланған ағаш – ерекшеленген шыңы, тамыры бар ағаш. Бұл ағаштың тамырдан жапыраққа баратын өзіндік бағдары бар. Тамырланған ағаштың әр түйнегі төменде жатырған жапырақтардың ең соңғы ортақ ата тегі
Тамырланған ағаш – ерекшеленген шыңы, тамыры бар ағаш. Бұл ағаштың тамырдан жапыраққа баратын өзіндік бағдары бар. Тамырланған ағаштың әр түйнегі төменде жатырған жапырақтардың ең соңғы ортақ ата тегіне жауап береді.
A
B
C
D
E
C
D
B
A
E
A
C
D
B
D
A
B
C
=
-
-
-
E
E
Тамырланбаған ағаш – ағаш тамырсыз болады және жапырақтардың байланысын жорамалды ата - тексіз көрсетеді. Тамырланбаған филогенетикалық ағашты қарастыру оңайрақ себебі түйіндер ортасындағы байланысты сыртқы топтары қолдану арқылы да анықтауға болады.
=
Есть еще варианты?
C
D
E
F
A
B
A
E
D
B
C
F
F
D
B
A
C
E
Ағашты қалай суреттеуге болады? Ағаш топологиясы
Ағаш топологиясы-тек жапырақтары, түйіндері, (тамыры) және оларды байланыстыратын бұтақтары
(топология ағашты бейнелеу әдісіне байланысты емес)
A
B
C
D
E
A
B
C
D
E
Бір топологияның екі бейнесі
Құрылған ағашты қалай салуға болады?
Филограмма:
Қабырғалардың ұзындығы түйіндер арасындағы эволюциялық қашықтыққа пропорционалды.
Кладограмма:
тек топология ұсынылған, жиектердің ұзындығы ескерілмейді.
Arabidopsis
Caenorhabditis
Drosophila
Anopheles
Tenebrio
Trout
Mus
Arabidopsis
Caenorhabditis
Drosophila
Anopheles
Tenebrio
Trout
Mus
Қандай on-line бағдарламалары ағаштар салады?
ClustalW. “Tree type” – nj, phylip: строит только методом NJ, но результат – в разных форматах, no bootstraps
Phylip (Felsenstein, 1993) – пакет программ для построения филогенетических деревьев (stand-alone)
