Тамырланған ағаш – ерекшеленген шыңы, тамыры бар ағаш. Бұл ағаштың тамырдан жапыраққа баратын өзіндік бағдары бар. Тамырланған ағаштың әр түйнегі төменде жатырған жапырақтардың ең соңғы ортақ ата тегі

Тамырланған ағаш – ерекшеленген шыңы, тамыры бар ағаш. Бұл ағаштың тамырдан жапыраққа баратын өзіндік бағдары бар. Тамырланған ағаштың әр түйнегі төменде жатырған жапырақтардың ең соңғы ортақ ата тегіне жауап береді.

• A

• B

• C

• D

• E

• C

• D

• B

• A

• E

• A

• C

• D

• B

• D

• A

• B

• C

• =

• -

• -

• -

• E

• E

Тамырланбаған ағаш – ағаш тамырсыз болады және жапырақтардың байланысын жорамалды ата - тексіз көрсетеді. Тамырланбаған филогенетикалық ағашты қарастыру оңайрақ себебі түйіндер ортасындағы байланысты сыртқы топтары қолдану арқылы да анықтауға болады.

• =

• Есть еще варианты?

• C

• D

• E

• F

• A

• B

• A

• E

• D

• B

• C

• F

• F

• D

• B

• A

• C

• E

Ағашты қалай суреттеуге болады? Ағаш топологиясы

• Ағаш топологиясы-тек жапырақтары, түйіндері, (тамыры) және оларды байланыстыратын бұтақтары
• (топология ағашты бейнелеу әдісіне байланысты емес)

• A

• B

• C

• D

• E

• A

• B

• C

• D

• E

• Бір топологияның екі бейнесі

Құрылған ағашты қалай салуға болады?

• Филограмма:
• Қабырғалардың ұзындығы түйіндер арасындағы эволюциялық қашықтыққа пропорционалды.

• Кладограмма:
• тек топология ұсынылған, жиектердің ұзындығы ескерілмейді.

• Arabidopsis

• Caenorhabditis

• Drosophila

• Anopheles

• Tenebrio

• Trout

• Mus

• Arabidopsis

• Caenorhabditis

• Drosophila

• Anopheles

• Tenebrio

• Trout

• Mus

Қандай on-line бағдарламалары ағаштар салады?

• ClustalW. “Tree type” – nj, phylip: строит только методом NJ, но результат – в разных форматах, no bootstraps
• Phylip (Felsenstein, 1993) – пакет программ для построения филогенетических деревьев (stand-alone)
• On-line (partly): например,
• http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/phylogeny/phylip-uk.html
• PAUP (Phylogenetic Analysis Using Parsimony)

Тапсырма

• Тапсырма 1. Төменде берілген кестені толтырыңыз

Филогенетикалық ағаш
Тамырланған ағаш	Тамырланбаған ағаш
ерекшеленген шыңы, тамыры бар ағаш	ағаш тамырсыз болады және жапырақтардың байланысын жорамалды ата - тексіз көрсетеді

• Бағалау критерийі: Филогенетикалық ағашқа сипаттама береді және оның түрлерін ажыратып мәнін жазады.
• Дискриптор:
• филогенеткалық ағашқа сипаттама береді – 5 балл,
• Оның түрлеріне анықтама жазады – 5 балл.

ата тектері ортақ, бірнеше түрлердің ортасындағы өзара эволюциялық байланысты көрсететін ағаш.

• Назарларыңызға рахмет!

жүктеу/скачать 0,74 Mb.

Достарыңызбен бөлісу: