Автономды жүйке жүйесінің орталык бөлігінің ядролары орталык және сопақша мида, сондай-ак, жұлынның кеуделік, бел және сегізкөздік сегменттерінің бүйірлік мүйіздерінде орналасады. Симпатикалык жүйке жүйесіне жүлынның кеуде және жоғарғыбел бөліктерінің бүйірлік мүйіздерінің автономды ядролары, ал парасимпатикалыкка — бас сүйек жүйкетерінің III, VII, IX және X жұптарының автономды ядролары және жүлынның сегізкөздік бөлігінің автономды ядролары жатады. Автономды жүйке жүйесінің шеткері түйіндері мүшелерден тыс (симпатикалык паравертебралды және превертебралды түйіндер, бастың парасимпатикалык түйіндері), сонымен бірге, ас қорыту жолдарының, жүректің, жатырдың, куыктың т.б. интрамуралды жүйке өрімдерінің кұрамында, мүшелердің кабырғаларында да орналасады.
