Микроорганизмдердің тіршілік ету ортасы ретінде топырақтың қатты бөлігінің маңызы зор. Қоректік заттардың негізгі қоры топырақ бөлшектерінің бетінде шоғырланған: қарашірік, органо-минералды коллоидтар, , катиондары және т.б. Мұнда олардың концентрациясы топырақ ерітіндісінен әлдеқайда жоғары. Топырақ ерітіндісіндегі заттардың мазмұны негізінде топырақ микроорганизмдері үшін қоректік ортаны құру әрекеті теориялық тұрғыдан дұрыс емес, өйткені бұл олардың табиғи ортадағы өмір сүру жағдайларына сәйкес келмейді. Микроорганизмдердің бөлшектердің бетінде бекінуі олардың тіршілік әрекеті үшін үлкен маңызға ие: экзоферменттерді бөлетін адсорбцияланған жасушалар үшін олар бекітілген субстратты пайдалану оңайырақ. Топырақтағы бактерия жасушаларының 80-90%-ы жер бетінде немесе топырақ агрегаттарының ішінде сақталады. Топырақ микрофаунасының өкілдері микроорганизмдер жиынтық аралық кеңістікте тіршілік етеді. Нематодтар агрегаттар арасындағы кеуектер жартылай сумен толтырылған кезде ең жоғары қозғалғыштыққа ие болады.
Қатты фаза тіршілік ету ортасы ретінде топырақтың мозаикалық және гетерогенділігін қамтамасыз етеді. Ол негізінен үлкен беті бар екіншілік және бастапқы минералдардың ұсақ бөлшектерімен ұсынылған минералды қосылыстардан тұрады: сазды минералдар - 200 м2/г дейін. Бұл беттерге жасушалардың адсорбциясы олардың жуылуын болдырмайды. Адсорбцияланған күй микроорганизмдердің қолайсыз факторлардың әсеріне төзімділігін арттырады және топырақтағы заттардың айналымы процестерінің тұрақтылығын сақтауға көмектеседі.
Топырақтың сұйық бөлігі болып табылатын топырақ ерітіндісі капиллярларды толтырып, топырақ бөлшектерінің айналасында су қабықшаларын құрайды. Топырақ ылғалмен толық ылғал сыйымдылығына дейін қаныққан кезде, «ауасы бар» тесіктерді қоспағанда, барлық кеуектер мен бос орындар ерітіндімен жабылады. Бұл топырақ жағдайы анаэробты процестердің дамуына ықпал етеді.
