Пифагорфилософиясы Пифагор музыканы үйретуде, «Афина мектебі», Рафаэль сызған.
Пифагордың философиялық идеялары Орфей дінінің ықпалына ұшыраған, қою мистикалық сипатқа ие. Ол грек философиясында санға айырықша назар аудару дәстүрін қалыптастырды, бүкіл ғарышты, зат атаулыны сан арқылы тануға, тіпті санның бойынан киелі мағыналар оқуға тырысты.[1] Бұл туралы ежелгі грек ойшылы Аристотель былай деп жазды:
"Пифагоршылдар тұңыш рет математикалық біліммен айналысушылар болды. Олар математикалық қағидалар барлық заттың ортақ қағидасы деп танып, ең жоғары ғылым ретінде барынша тереңдеуге тырысты." («Метафизика 1–5»
Пифагор математика арқылы музыкалық ырғақты зерттеп, содан күні бүгінге дейін кең қолданылатын "гармония" ұғымын туғызды. Бүкіл ғарыш, бүкіл адам болмысы, адамның ішкі жан әлемі түгелдей гаромниялық үндестікке, ғажайып үйлесімге ие. Дүниенің нағыз қуанышы сол үндестікті оқу, үйлесімділікті сезіну. Ол тіпті аспандағы жұлдыздар гармониялы нүктелерге орналасқан, олардың қозғалысынан туған тоғыспалы үн "ғарыш күйі" болып ойналады деп есептеді. [2] Ғарышты түсіндіруде, Пифагор Милет мектебінің дәстүрін өзінің Сан туралы идеяларымен ұштастырды. Ол көптеген шекті әлемдер өмір сүреді, жер шары шар пішінде, бірақ жер ғаламның орталығы емес деп есептеді. Оның бұл идеяларын қазіргі танылған шындықтарға негізінен жат келмейді деп бағалауға болады.
Пифагордың сан туралы зерттеулері кейінгі идеализмнің, жалпылық туралы теориялардың қалыптасуына ықпал етті. Ол танымды идеяда танылатын және сезімде танылатын деп екіге ажыратты. Идеяда танылатыны кемел, мәңгілік, мәнді даналық. Ал, сезімде танылатыны уақыттық, шекті, кемелсіз білімдер. Бұл пікірді кейін Платон ары қарай дамытып өзінің негізгі философиялық идеясы етіп жүйеледі.[3] Оның «Алтын нақылдар» деген жинағында мынадай пікірлер де айтылған: "Құдайлардан да ежелгі нәрселер бар, ол үміт пен үрей"; "Құдайлар адамды жаратқанына өкінді ме? Жоқ, қайта адам Құдайларды жаратқанына өкінді;" "Аз сөйле, одан да аз жаз"...[4] Пифагор сандары — натурал сандар үштігі, бұл сандар үшбұрыш қабырғаларының ұзындығына пропорционал (немесе тең) болса, онда үшбұрыш тікбұрышты болып табылады. Бұл үшін Пифагордың кері теоремасы бойынша ол сандардың х2+у2=z2 түріндегі диофант теңдеуін қанағаттандыруы жеткілікті (мыс., х=3, у=4, z=5). Өзара жай Пифагор сандарының кез-келген үштігі мына формулалар арқылы анықталады: х=m2—n2, у=2mn, z=m2+n2, мұндағы m және n — бүтін сандар (m>n>0).[5]