Деятельность в ауле и в Омске Живя в ауле Чокан находился в постоянном окружении народных поэтов, сказителей, музыкантов, певцов, которые своими песнями, игрой, представлениями не только развлекали его, но и давали ему богатый научный материал. Как ученый-просветитель он не мог не видеть произвол и насилие чиновников-колонизаторов. И выставляет свою кандидатуру на пост старшего султана Атбасарского округа. Но намерение Чокана получит ответственную должность в казахском обществе было встречано в штыки со стороны омского начальства. Несмотря на то, что он получил большое количество голосов, чем его соперник, областной губернатор отклонил кандидатуру Ч.Валиханова. Они боялись, что такой образованный султан-правитель стал бы явлением большой пропагандистской силы, оказывающим влияние на казахов. Именно поэтому то, что произошло с ним на выборах, носило характер показательной расправы. Однако Валиханов, зная об отношении к нему генерал-губернатора, принимает участие в сборе народных мнении о проекте судебной реформы, в мероприятиях правительства по реорганизации местного управления степи, внёс ряд практических предложений и рекомендаций. Основные мысли изложены им в ряде «Записок», поданных на имя властей: «О мусульманствах в степи», «Записка о судебной реформе» и др.
Кыргызский эпос «Манас» В первом путешествии на Иссык-Куль в 1856 году Валихановым был собран большой по объёму материал для словаря киргизского языка, записано и переведено много местных былин и песен. Важным результатом его поездки стало открытие учёному миру и широкой общественности величайшего памятника киргизского устного творчества, насчитывающего полмиллиона строк, — эпоса «Манас». Он явился первым исследователем, который записал (26 мая 1856 года), а впоследствии перевёл на русский язык отдельные главы эпоса. Валиханов оценил его как выдающееся произведение восточной устной традиции, киргизского фольклора. Он назвал «Манас» «степной Илиадой». А продолжение «Манаса» — поэму «Семетей» — он охарактеризовал как восточную «Одиссею». В результате этих поездок им были написаны «Дневник поездки на Иссык-Куль», «Записки о кыргызах», «Очерки Джунгарии»