Открытия Пастера Установлено, что процессы брожения имеют микробиологическую природу, и каждый вид брожения обусловлен своим специфическим возбудителем.
При исследовании болезней пива и вина выявлено, что эти пороки обусловлены развитием посторонних микроорганизмов. Пастер предложил метод борьбы с посторонней микрофлорой – пастеризацию.
Показано, что инфекционные болезни имеют микробиологическую природу и возникают в результате попадания в организм болезнетворных микроорганизмов. Л. Пастером предложен метод борьбы с инфекционными заболеваниями при помощи прививок, для которых применяются культуры микроорганизмов с ослабленным болезнетворным действием (вакцины).
Доказано, что некоторые микроорганизмы могут существовать без доступа кислорода (явление «анаэробиоза»). Изучая маслянокислые бактерии, показано, что воздух вреден для них.
Эти результаты вызвали бурю протеста, так как было признано, что без молекулярного кислорода жизнь невозможна.
Таким образом, Луи Пастер является основоположником всех основных направлений современной микробиологии.
Первым из современников Л. Пастера, кто оценил значение его открытия, был английский хирург Дж. Листер (1827 1912 гг.), который, основываясь на достижениях Л. Пастера, впервые ввел в медицинскую практику обработку всех хирургических инструментов карболовой кислотой, обеззараживание операционных и добился снижения числа смертельных исходов после операций.
В XIX веке интенсивная работа по медицинской микробиологии начала проводиться во многих странах. Так, в развитие микробиологии большой вклад внес немецкий врач Роберт Кох (1843-1910), которым была разработана методика получения чистых культур микроорганизмов в виде отдельных колоний на плотных питательных средах, что позволило выделить и изучить ряд микроорганизмов. Р. Кохом разработаны также методы окрашивания микроорганизмов, микрофотографии, дезинфекции; введено в лабораторную практику заражение подопытных животных для выделения чистых культур патогенных микробов. Р. Кох обнаружил и изучил возбудителя туберкулеза человека и крупного рогатого скота (палочку Коха).
Таким образом, Р. Кох заложил основы современной методики микробиологических исследований, за что в 1905 г. Шведская академия наук присудила ему Нобелевскую премию.
С.Н. Виноградский (1856 – 1953 гг.) и голландский микробиолог М. Бейеринк (1851 – 1931 гг.) ввели микроэкологический принцип исследования микроорганизмов. С.Н. Виноградский предложил создавать специфические (элективные) условия, дающие возможность преимущественного развития одной группы микроорганизмов, открыл в 1893 г. анаэробный азотфиксатор, названный им в честь Пастера Clostridium pasterianum, выделил из почвы микроорганизмы, представляющие совершенно новый тип жизни и получившие название хемолитоавтотрофных.
Через 8 лет после открытия С.Н. Виноградским азотфиксатора, М. Бейеринк выделил в аэробных условиях Azotobacter chroococcum, исследовал физиологию клубеньковых бактерий, процессы денитрификации и сульфатредукции и т.д. Оба этих исследователя являются основоположниками экологического направления микробиологии, связанного с изучением роли микроорганизмов в круговороте веществ в природе.
К концу XIX в. намечается дифференциация микробиологии на ряд частных направлений: общая, медицинская, почвенная.