«Жақсылық пен жамандықтың екінші жағы. Келешек философиясының нышандары», «Моральдың генеалогиясына орай» (1887) деп аталатын еңбектерінде Ницше бірқатар мәселелерді көтереді: Жақсылық пен жамандық туралы ұғым қашан және қандай жағдайда пайда болды? Құндылықтардың құндылығы неде? Моральдық құндылықтар адамның өмір-тіршілігіне сүйеу бола ма, әлде оның өмірін жақсартуға көмектесе ме? Ол дерт пен қайғы арқылы парызды түсініп, ол жадында, санада орныққанда, беруші мен алушының арасындағы қарым-қатынаста өзін-өзі кінәлау сезімі пайда болатынын көрсетеді. «Қатыгездіктің дәріптелуі» осы себептен. Өзіне-өзі еге, ерікті адам (төре) өзіне лайықты және құлшылық моральдан жоғары тұрады, өзінің жадын, санасын өзі қалыптастырады.
Осыған дейінгі философияны Ницше «қалай болса да ақиқатқа жетуге» тырысқан, догмаланған философия деп атады. Соның ішінде, «субъект» ұғымын бүркене отырып, «Менді» адами қатынастардың жалпыланған логикалық формасы ретінде қарастыру арқылы тек жанның жоққа сенгіштігі мәселесін ғана айтты. Ақиқат пен жалғанның, шын мен қатенің қарама-қайшылығы ақиқатқа еріктілікті көрсетпейді. Таза рух пен жақсылықты мадақтау үшін оларды бір-біріне қарама-қайшы қою өте үлкен қателік және ол қауіпті. Философия өмір шарттарын қарастыруы керек.Кекшілдік пен ызақорлықтың орнын махаббат басуы керек, ол адамның еркін нығайтады деді. Ницшенің ойынша, демократия, социализм, феминизм сияқты құндылықтар рухтың еркіндігіне кедергі болады. Олар қалың көпшіліктің, әлсіздер мен әйелдердің жасампаздыққа ие, өмірдің заңымен бекітілген адамдармен бірдей тең дәрежеде билік құруына жол береді. Жасампаздық ол қайғыдан арылу, өмірді жеңілдету болып табылады.
«Антихрист» деген еңбегінде философ моральдық және діни құндылықтардың шарттылығын айтады. Ол ескі нанымдардың шығу тарихын зерттеумен айналысатын толықтай жаңа пән –«Генеалогия» пәнін жасауды ұсынады. Дәстүрлі философияда моральдық құндылықтарға негіз болған априорлылық, логикалық, гипотезалық ұғымдары құндылық ұғымына өлшем бола алмайды. Құндылықтардың өлшемі өзіндік айқындылық болуы тиіс.
Осы ретте ең басты, негізгі үш мәселе – рессентимент, кінә және ар-ұжданы таза болмау, аскетизм. Рессентимент әлсіздіктің салдарынан пайда болатын жағымсыз эмоциялардың рефлективтік жолмен сыртқа шығуын білдіреді. Адамдарда күншілдік, қызғаншақтық, өшпенділік және кекшілдік сезімдердің пайда болуы осы себепті. Адамның әлсіздігінен, жасанды тыйымдар мен нормаларға тәуелділігінен ол сезімдер өмірде іске аспайды да, адамның өзіне деген іштей наразылығын туғызса да, өшпенді бейнесін тақуалық пен моральдықтың бетпердесімен бүркемелейді. Егер рессентимент сыртқа бағытталса, «моральдың құлы болмау жолындағы көтерілісін» білдіреді. Ал егер ол ішке бағытталса, ол аскетизмді білдіреді. Көтеріліс пен аскетизм идеясы социализм мен христиандықтың идеясын бейнелейді. Ал соңғысы Ницшенің ойынша, рухтың азуының басты себебі болып табылады.
Христиандықтағы өзінің күшін әбден «сарыққан» тиімсіз моральдың орнына «Жоғары Адам» һақындағы жаңа моральды негіздеу идеясы шынайы өмірде Ницшені ұлықтыққа «құштарлыққа» және қатерлі ауруға соқтырды. Алайда адами тұлғаны жақсартуға бағышталған жаңа діни сананы қалыптастыру жолындағы ізденістері А.Бергсонның интуитивизм туралы зерттеулерінде, О.Шпенглердің мәдениет философиясында, К.Юнгтің архетиптер теориясында, М.Хайдеггердің экзистенционалды феноменологиясында, М.Шеллердің антропологиясында, П.Рикер мен Г.Гадамердің герменевтикасында, К.Ясперстің және Ж.-П.Сартр мен А.Камюдің экзистенциализмінде, М.Фуконың билік метафизикасында, Р.Барттың мәтіннен рахаттану, Ж.Делездің жазықтың саналуандылық бейнесі һақындағы зерттеулерінде, Ж.Бодриярдың елігу тұжырымдамасында өзінің жалғасын тапты. Сонымен қатар оның Жоғары Адам турасындағы бұрмаланған идеялары Гитлердің «жоғары ақсүйектер тұқымы» тұжырымдамасы мен нацистік идеологиясына негіз болды.