Индикатор– ағзалар тек экологиялық факторлардың аз дозасына ғана емес, сонымен қатар кешенді факторлардың әсерін – синергизм,эмерджент, ингибирлену. Экологиялық потенциал ағзаның факторға әсерін көрсетеді. Физиологиялық толеранттылық және экологиялық потенция оның индикаторының маңыздылығын анықтайды. Нәтижесінде, ағзалардың жағдайымен қатар олардың саны, популяция құрылымы қоршаған ортаның қолайлы жағдайын көрсетеді. Атмосфераның ластануының объективті жағдайын бағалау үшін зерттеуді 2 бағытта жүргізу қажет .
Біріншіден, инструментальды химиялық анализдерінің әдістерінің жетілуі, екіншіден, биоиндикаторларды мақсатты түрде қолдану тиімді. Қоршаған ортаның ластануына сыртқы визуалды белгілері арқылы қоршаған ортаның ластануын анықтаудың бірнеше тиімді жақтары бар. Бұл қымбат және анализдердің қиын физико-химиялық әдістерінің қолданылуын қысқартады
немесе мүлдем қолданбауға мүмкіндік береді. Биоиндикаторлар ластанудың биологиялық маңызды әсерлерін анықтайды. Олар болып жатқан өзгерістердің жылдамдығын, экожүйелерде түрлі токсиканттардың жинақталу жолдары мен орнын, адамға қауіпті әсер қосылыстарының
түрлерін анықтайды. Ортаның фондық ластануы. Тіпті қорықтарда да соңғы 40 жылда жануарлар саны мен түрі азайып кетті. Бұл ортадағы биоиндикацияға байланысты.
Биоиндикация жер-ауа ортаcындағы өсімдіктер көмегімен жүреді. Фитоиндикация ортадағы сапаны жақсартудағы өсімдіктердің пайдаланылуы. Ең жақсы эффект өсімдіктер қауымдастығы болып табылады, бұларнайы атауға да ие индикаторлық геоботаника.__
Биоиндикация барлық ұйымдастырылған тірі дәрежеде бола алады: биологиялық молекула, талшықтар, ұлпалар мен мүшелер, ағзалар, популяция (ерекше бір түрдің әлемінің топтамасы), орта, экожүйе және барлық биосфера. Бұл факті – биоиндикацияның жаңашыл теориясының жетістігі. Биоиндикацияның төменгі дәрежесінде биоиндикацияның тікелей және спецификалық формасы, жоғарлауда – тек жанама және спецификалық емес. Бірақ та, соңғысы табиғатқа антропогенді әсерге комплексті баға береді. Клеткалық және субклетқалық дәрежеде биоиндикация биотикалық және физиологиялық өту реакциясында құрылған. Оның бағалысы жоғарғы сезімталдықты бұзуға, сонымен қатар поллютанттарға сай емес концентрацияға мүмкіндік беретін және оны тез шығаруға. Тек бұл дәрежеде ғана ортаның ерте бұзылуына мүмкіндік туады. Жетіспеушілік санына, биоиндикаторлар-талшықтар және молекулалар күрделіаппаратураны талап ететіні кіреді.Агросферада кездесетін поллютанттардың мутагендік потенциалын анықтау және ластағыштар кешеніне әсер ететін, агроценоздардың ксенобиотиктармен ластануын объективті бағалау үшін тест-жүйелер мен фитотесттерді қолданады .